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管理员用户包含子管理员,均具备删除权限。但子管理员不可将管理员删除。删除用户只能删除来源为本平台的用户,如果来源为IAM,则只支持移除。 在用户的操作列,单击“删除”,删除对应的用户。 图1 删除子用户 移除子用户 导入的用户,不支持删除,只支持移除。移除后不影响该用户操作其他服
Calling的工作。 gatk MergeVcfs 合并分bin变异检测的VCF文件。 Variant QC 针对输出的VCF文件进行质控。 图1 NGS执行步骤 图2 搭建步骤 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
类基因组数据”和“NGS小数据集”进行分析。 图3 订阅数据 可以在“数据”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图4 查看订阅的数据 步骤3:启动作业 在流程页面,单击“启动作业”按钮,根据实际情况填写作业名称等信息。 图5 启动作业 图6 设置作业名称 作业设置完成后,会显示流程中的
或者单击“操作”列“下载为”,然后单击鼠标右键,选择“链接另存为”,下载数据。 图3 下载数据 删除数据 以下操作步骤是在“数据中心”页面删除数据。 删除数据 单击“操作”列的“删除”,删除数据。 图4 删除数据 批量删除 勾选文件名左侧图标,单击“删除”,删除数据。 图5 批量删除 查看3D 支持以Mol 3D
下载数据 在EIHealth平台下载数据 下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据”页面下载数据至本地。您也可以使用命令行工具实现数据的下载。 在EIHealth平台“项目 > 数据”页面,展开数据文件夹,选择待下载的数据。
API概览 医疗智能体平台所提供的API,均符合RESTful API设计规范,如表1所示。 临床研究和药物设计所提供的API,均符合RESTful API设计规范,如表2所示。 表1 医疗智能体平台API 类型 API 说明 项目管理 项目管理 项目创建、获取项目详情、删除项目等相关操作API。
OBS桶。 图3 引用数据 单击“确定”,引用其他项目中的数据至本项目。 引用的数据和项目将显示在左侧的数据列表中。 图4 引用的数据 引用OBS类型数据时,如果数据在OBS中的存储类型为“归档存储”,则将该数据引用过来后,该数据不能用于创建作业,并不可下载。 平台系统管理员在自
docker import <project-name/image-name:tag-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 是 要导入的镜像当前所在的项目名称。 image-name 无 是 要导入的镜像名称。 tag-name
创建项目 您可以创建一个新的项目。 在平台左上角单击项目名称,选择“创建新项目”。 图1 创建新项目 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称。取值范围3~45个字符,包含数字、小写字母、下划线、中划线,且只能以小写字母数字开头结尾。 项目创建成功后,不支持修改名称。
BS中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据,会同步到Notebook中,Notebook中的操作也会同步到OBS中,如图2所示。 图2 通过OBS同步数据 “Upload”上传数据大小受限时,您可以通过以下多种方式将文件上传到OBS中,通过OBS与Notebook进行数据同步。
异常:数据库异常,可能是由于CSS到期、CSS密码改变、CSS资源解绑等问题导致数据库异常。 图2 删除数据库和追加数据 可以通过“追加数据”到数据库来增加数据条数。每次追加最多追加500万条数据。 图3 追加数据 CSS相关常见问题请参考常见问题文档中的CSS章节。 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter No
删除数据 使用rm命令删除EIHealth平台的文件或目录,此命令不支持删除引用的数据。 命令结构 health rm <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 destdir 无 是 目的文件或目录。 --force -f 否 强制操作,不进行询问提示。
参数variants-file相连。 图7 gatk-mergevcfs、discvrseq-variantqc连线关系 搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮,保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。 执行health --help查询支持的操作命令。Linux系统下,需添加./指定当前路径。
在使用该命令前,您需要通过平台创建项目。 命令结构 health get project <project-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 否 项目名称,在EIHealth平台创建项目时,由用户填写。 指定具体项目名称时,返回此项目的详情信息。
job-id命令获取NGS作业的信息。使用health get workflow命令查询NGS作业对应的workflow-id。获取到的作业信息如图1所示。 图1 NGS作业信息 health get job -s命令获取启动分析作业的模板。依据模板要求,将步骤3中获取到的NGS作业信息和wo
持显示引用的其他项目的数据。 在使用该命令前,需要使用switch命令进入待操作的项目,才可以执行数据相关操作,使用逻辑与EIHealth平台相同。 命令结构 health ls <path> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 path 无 否 路径名称。
数据管理简介 EIHealth平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、流程执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“导入数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
2021-05-12 10:18:32 Total images of project demo-project is: 1 查询当前项目下面的镜像名为demo-image的所有tag信息。 health docker images -n demo-image # 执行成功返回结果如下 Name