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oolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health clear -u # 返回结果如下 delete the upload dir for checkpoint successfully! 父主题: 数据管理命令
EIHealth平台支持两种类型的用户管理,可以帮助您安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置,可创建平台的子用户,并为其分配权限。 项目级别用户管理 资源级的角色配置,以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组,以便用户通过项目进行资源的访
app_node_labels Array of strings 计算节点标签 表5 TaskResourceDto 参数 参数类型 描述 cpu String cpu申请使用量,取值范围[0.1-128],单位C,支持一位小数。对于应用,不填默认1C;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
Agent,被设计为具有独立思考和行动能力的AI程序,只需提供一个研究目标和数据路径,即可自适应生成一个任务序列执行分析任务。 生信智能体AI Agent可以应对激增的多组学数据分析需求、高成本的生物信息学培训和满足不同应用场景的个性化需求,为多领域生命科学研究提供高效、定制化的数据分析支持。 使
查询参数,可选,查询参数前面需要带一个“?”,形式为“参数名=参数取值”,例如“limit=10”,表示查询不超过10条数据。 例如,您需要获取IAM在“华北-北京四”区域的Token,则需使用“华北-北京四”区域的Endpoint(iam.cn-north-4.myhuaweicloud.com),并
PAINS: 频繁命中化合物过滤,PAINS数据库具有480个子结构。 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配该数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 ALARM NMR Rule: 频繁命中化合物过滤,ALARM NMR数据库具有75个子结构。 结果解释:同PAINS。
模板管理 从其他项目导入模板 上传模板 查询模板列表 创建模板 查询模板详情 删除模板 父主题: 数据库管理
获取系统标签 添加系统标签 删除系统标签 获取系统资源 购买计算资源 删除计算资源节点 修改计算资源 修改性能加速资源 查询消息及已完成作业保留设置 修改消息及已完成作业保留配置 获取供应商logo和名称设置 修改供应商logo和名称配置 获取系统配额信息 获取消息中心消息列表
实例状态信息 metadata TaskInstanceMetadataRsp object 实例元数据信息 spec TaskInstanceSpecRsp object 实例cpu和内存使用率信息 表6 TaskInstanceStatusRsp 参数 参数类型 描述 phase
对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图1 Terminal 例如,您可以执行wget命令在公开数据集中下载基因组测序数据。 图2 执行命令 父主题:
OBS桶管理 获取用户OBS桶列表 获取用户OBS桶内对象 文件下载 父主题: 数据管理
受体口袋检测 配体格式转换为SMILES 生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务 删除配体相似性图计算任务 根据center、size、padding参数生成可渲染的口袋文件内容
作业的运行信息,包括每个任务的启动、停止时间、运行状态,日志链接等。 在作业对应的操作列中,单击“更多 > 导出”,导出单个作业的元数据信息。勾选多个作业,在上方单击“导出”,批量导出作业元数据信息。 图3 导出作业元数据 Task失败状态条显示说明 每个Task 状态条显示成三段:Task添加重试失败总时间、当前pod等待时间、pod运行时间。
在项目中存储数据和创建作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 您可以创建项目,并向其中上传数据、创建作业。 在“项目列表”中,展示了当前用户有权限访问的项目。 图1 项目列表 查看项目信息 项目信息中提供了项目设置,成员管理,数据审计,您可以通过如下方式查看。
平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述
无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的
查看药筛作业和结果下载 查看作业进程 用户可以在“项目 > 作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2
平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 template_id 是 String 模板id 最小长度:1 最大长度:128
流程使用的镜像和数据需要按照医疗智能体(EIHealth)平台的规范进行上传 推荐通过eihealth-toolkit进行上传。eihealth-toolkit介绍详见什么是医疗智能体eihealth-toolkit。数据上传可参考上传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询,
ject_id}/data/download 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目I