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工具管理 工具管理简介 新建应用 导入应用 上传应用 发布应用 编辑应用 创建FastQC应用样例 新建流程 流程设计器 导入流程 上传流程 发布流程 添加分类标签 下载应用或流程 父主题: 用户指南(基因平台)
资产管理 获取资产列表 获取属性值列表 查询资产详情 查询资产版本详情 更新资产指定版本的信息 删除资产指定版本 操作资产发布状态 父主题: 资产市场
资产收藏管理 获取收藏资产列表 收藏资产 取消收藏 父主题: 资产市场
分子优化作业管理 创建分子优化作业 查询分子优化作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
删除模型 功能介绍 删除模型。 URI DELETE /v1/{project_id}/drug-models/{model_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
受体信息解析 功能介绍 受体信息解析,如果有多个受体蛋白则只处理第一个,如果一个受体蛋白里结合了多个配体,则最多只处理前10个。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/info
受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋,检测类型基于配体,基于氨基酸残基,自动检测,自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket
收藏管理 获取收藏夹列表 添加收藏 取消收藏 父主题: 项目管理
使用Docking Summary流程 分子对接(molecular docking )是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药
数据归档配置 设置平台数据归档的区域。 在账号下面选择“系统设置”。 图1 选择系统设置 进入系统设置页面,设置数据归档配置区域。 图2 配置数据归档区域 父主题: 系统设置
作业消息设置 设置作业保留条数 您可以在系统设置中设置作业最多保留条数。超过设置的数值后,系统将自动清除。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置作业的最多保留条数。已完成作业保留数量最少1万条,最多1000万条,默认设置为500万条。已有作业条数表示系统所有用户的作业总条数。
配额说明 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》
应用管理 应用管理 作业管理 自动作业管理 流程管理 流程统计管理 父主题: API(医疗智能体平台)
导入应用 导入应用是将隶属于其他项目的应用导入至本项目中,一次至多导入50个应用。 使用“导入应用”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击“导入应用”,进入导入应用页面。 图1 导入应用 选择需要引用的项目以及项目中的应用,选择应用的版本。“
新建流程 流程说明 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成,应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义,包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
上传应用 通过在本地修改应用的yaml模板,上传应用至项目中。 获取应用yaml模板。 单击“上传应用”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get app -s命令获取创建应用的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.tx
上传流程 通过在本地修改流程的yaml模板,上传流程至项目中。 获取流程yaml模板。 单击“上传流程”,在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具,执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板,复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或
编辑应用 您可以对已经创建的应用进行编辑,修改对应参数信息。 在应用列表页面,选择需要修改的应用,单击操作列“编辑”。 图1 编辑应用 在编辑应用页面,可以修改相关的参数。相关参数描述可参考新建应用。 如果更改了版本号,相当于新建一个应用。 父主题: 工具管理
药物通用接口 生成分子SVG图 生成分子SDF三维结构 受体预处理 受体信息解析 受体口袋检测 配体格式转换为SMILES 生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务
新建作业 Nextflow作业依托于流程运行,需要您先新建流程,再基于流程创建作业。 选择“作业>分析作业>Nextflow”,单击“新建作业”。 设置作业参数。 作业名称:设置作业名称。名称长度为1-63,只允许出现中划线、字母和数字。 标签:设置作业标签。最多可以设置5个。 描述:作业描述。