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nextflow.io/docs/latest/process.html#pod 对于publishDir配置，用户侧设置时需要使用一定的技巧。目前测试结果表明下面两种写法是可行的， 供参考。 写法1： 写法2： 正向用例 如下所示为一个不带业务属性（仅执行基本数学运算）的正向用例，包含了输入输出，串并联场景，适用面较广。
基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维 使用该Notebook时需要运行相应的代码模块，运行步骤如下所示。 环境配置：加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。 读取配置文件：通过json文件配置输入和输出路径。 模型训练：针对提供的数据和模型参数，AutoGenome会搜索得到最优的神经网络
将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。 配置成功后，单击“提交”。
将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果没有受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。 图2 靶点设置
17 制作bwa-mem镜像 在本地搭建Docker环境。 要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 下载bwa和samtools软件。 wget http://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.17.tar
将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果没有受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。 单击“下一步”，进入优化设置页面。
件会保存在该目录，请确保运行obsutil的用户对该路径有写权限。该路径的可用空间需要大于待下载对象的大小。 --dryRun -y 否 测试模式运行，不执行实际的下载操作。 --vlength -v 否 下载完成后，验证本地文件大小是否与桶中对象的大小一致。 --vmd5 -M
MOL 3D Viewer Mol 3D Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。单击“功能模块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”，进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括： 本地分子结构的3D可视化，支持多种显示样式，支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。
参数可选。 --arcDir -g 否 同步上传文件成功后的归档路径，上传成功后的文件会移动到该本地路径下。 --dryRun -y 否 测试模式运行，不执行实际的上传操作。 --link -k 否 上传软链接文件/文件夹指向的真实路径。 如果未指定该参数，而待上传的文件是一个软
虚拟药物筛选简介 虚拟药物筛选功能 医疗智能体平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算蛋白与药物之间的结合能量，进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果，生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象，用于可视化展示。
增量复制，设置该参数后，复制时会判断是否有同名文件，若有同名文件，则跳过不进行复制。 --fr -R 否 复制对象时生成结果清单文件。 --dryRun -y 否 测试模式运行，不执行实际的复制操作。 --crr -c 否 复制时使用客户端跨区域复制模式，以通过数据流的方式从源桶直接复制数据到目标桶，且两个桶可以是任意两个OBS服务的桶。
移动对象时生成结果清单文件。移动对象时该参数可选 。 --flat -l 否 移动时，不包含上一级父对象名前缀。批量移动时该参数可选 。 --dryRun -y 否 测试模式运行，不执行实际的移动操作。 --update -u 否 增量移动操作，设置该参数后，移动每个源对象时会对比目标桶中对应路径的目标对象
什么是医疗智能体 医疗智能体（EIHealth）平台是基于华为云AI和大数据技术优势，为基因组分析、药物研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。平台提供大量相关模型、算法及数据资源，是一站式的医疗研发平台。 医疗智能体提供以下子服务： 基因组分析 提供高性能、高可靠性、高性
上传对象时生成结果清单文件。 --arcDir -g 否 上传文件成功后的归档路径，上传成功后的文件会移动到该本地路径下。 --dryRun -y 否 测试模式运行，不执行实际的上传操作。 --link -K 否 上传软链接文件/文件夹指向的真实路径。 如果未指定该参数，而待上传的文件是一个软
discvrseq-variantqc 输入参数 ref-file file 参考基因组序列。 variants-file file 变异检测软件（gatk4）生成的变异文件（vcf file）。 输出参数 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。 html-file
欢迎使用盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台是以盘古药物大模型为基础打造的一站式药研平台，助力药物研发效率提升60%+。平台提供靶点发现，苗头化合物发现，先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速，大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。全平台无需软硬件安
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据，批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出，图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节
"jobs": [{ "id": "2", "name": "zx-1030-mkdir", "description": "测试文件创建", "priority": 0, "timeout": 1440, "output_dir": "", "status":
药物虚拟筛选 计算机辅助药物虚拟筛选是新药早期研发的重要环节，可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算蛋白与药物之间的结合能量，并且依托云端大算力实现超大规模筛选和成药性分析，从成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物，从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚
最新动态 本文介绍了医疗智能体EIHealth各特性版本的功能发布和对应的文档动态，新特性将在各个区域（Region）陆续发布，欢迎体验。 2021年8月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 资产市场，提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。
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