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是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认
例如,使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。 使用命令行工具,用mkdir命令创建存储数据的文件夹。 例如,使用health mkdir input-data命令创建名为input-data的文件夹。 将本地数据上传至项目文件夹中。
storages 是 Array of NotebookStorage objects 挂载信息 数组长度:1 - 6 flavor 是 FlavorInfo object notebook规格 image 是 NotebookImage object 镜像信息 name 是 String
删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。流程通过流程设计器创建,创建好的流程将存储于“项目管理”页面“工具”页签中。在该页签中,以列表形式展示了项目中的流程。您可以新建流程、导入流程或上传流程,并查看流程详情、版本、创建
使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户
参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
设置GPU为0。 内存 设置内存大于8G。 存储路径 单击“存储路径”右侧文件夹图标,设置用于存储Notebook数据的OBS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的当前项目OBS路径下的内容操作,暂不支持引用的项目数据路径。
参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1
是否必选 说明 --ak -a 是 AK(Access Key ID):访问密钥ID。 --sk -s 是 SK(Secret Access Key):与访问密钥ID结合使用的密钥。 --region -r 是 服务区域名称。 --platform-id -i 是 华为云项目ID,请按获取认证信息中的方法获取。
使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
在“数据”页面,使用“复制”,将本项目的某一个文件、文件夹复制到其他文件夹中。 单击“复制”。 图2 复制数据 选择需要复制的文件或文件夹,以及数据存储路径,单击“确认”,复制数据。 例如,将“test.zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图3 复制数据
使用Variant Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
加速效率:IO加速>本地盘加速>无 无:作业运行于OBS中,不使用加速。 IO加速:IO加速使用弹性文件服务(SFS)提供高性能的数据读写,作业运行时,会将非最终结果的数据存储在SFS中用以提高任务运行效率,作业执行完成后会清理释放SFS空间。对于涉及频繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。
JupyterLab简介及常用操作 JupyterLab是一个交互式的开发环境,是Jupyter Notebook的下一代产品,可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下一阶段更主流的开发环境。
购买服务时,需使用华为主账号购买。如果不确定账号类型,可登录账号中心查看所属账号是主账号还是子账号(IAM账号)。 在账号中心左侧导航栏中有“我的主账号”页签,则说明是子账号;没有“我的主账号”页签,则说明是主账号。 图1 查看账号信息 购买服务 医疗智能体平台提供包年包月、按需两种计费方式,您可以按需求进行选择。
购买服务时,需使用华为主账号购买。如果不确定账号类型,可登录账号中心查看所属账号是主账号还是子账号(IAM账号)。 在账号中心左侧导航栏中有“我的主账号”页签,则说明是子账号;没有“我的主账号”页签,则说明是主账号。 图1 查看账号信息 联系技术支持开通白名单。 需要提供账号名,账号
数据库(可选) 数据库对应的是“项目管理>数据库”功能,可按使用需要购买。 图1 购买数据库 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
加速效率:IO加速>本地盘加速>无 无:作业运行于OBS中,不使用加速。 IO加速:IO加速使用弹性文件服务(SFS)提供高性能的数据读写,作业运行时,会将非最终结果的数据存储在SFS中用以提高任务运行效率,作业执行完成后会清理释放SFS空间。对于涉及频繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。
eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
同步:命令执行完成后,保证本地源路径是OBS指定目标桶的子集,即本地源路径下的所有文件均能在OBS指定目标桶中找到对应对象。 命令结构 health sync <src> <dest> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 src 无 是 被同步的目录或文件。 destdir