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使用AutoGenome镜像 AutoGenome是Notebook镜像，利用AutoML等技术帮助科研工作者在基因组学数据上端到端实现深度学习网络搜索，训练，评估，预测和解释的工具包。 使用AutoGenome镜像的详细步骤如下所示： 步骤1：订阅镜像 步骤2：创建Notebook
流程使用的镜像和数据需要按照医疗智能体（EIHealth）平台的规范进行上传 推荐通过eihealth-toolkit进行上传。eihealth-toolkit介绍详见什么是医疗智能体eihealth-toolkit。数据上传可参考上传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询，创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。
是否必选 说明 --ak -a 是 AK(Access Key ID)：访问密钥ID。 --sk -s 是 SK(Secret Access Key)：与访问密钥ID结合使用的密钥。 --region -r 是 服务区域名称。 --platform-id -i 是 华为云项目ID，请按获取认证信息中的方法获取。
图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作，即Notebook中的数据和被挂载的OBS路径中的数据是同步的。在OBS路径中创建文件夹、上传数据，会同步到Notebook中，Notebook中的操作也会同步到OBS中，如图
download <srcdir> <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 srcdir 无 是 源路径。 destdir 无 是 目的路径。 --rename -e 否 重命名。 --recursive -r 否 按指定的对象名前缀批量下载，批量下载时必选。
--domain-name -d 是 与管理员（购买平台的账户）的账号名一致。 --user-name -u 是 子用户的用户名。 管理员（购买平台的账户）登录时，user-name和domain-name一致。 --password -w 是 密码。 --ak -a 是 AK(Access Key
服务基于华为云AI和大数据技术优势，为基因组分析、药物研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。平台提供大量相关模型、算法及数据资源，是一站式的医疗研发平台。EIHealth以开放API的方式提供给用户，您可以根据本文档提供的API来使用服务，支持的全部API请参见API概览。
项目简介 项目是EIHealth平台的一个工作空间，可以在项目中存储数据，上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中，并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。您可
导入或上传镜像 镜像导入 镜像按照项目进行划分和管理，隶属于不同项目的镜像可以使用“镜像导入”，导入到本项目中，进行使用。 使用“镜像导入”功能，用户需是其他项目中的成员，且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击项目名称，进入所选项目，并选择“镜像”，进入镜像管理页面。 单击“镜像导入”。并选择镜像所在的项目、镜像和镜像版本。
NGS流程简介 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅地提高了测序速度，有力推动了相关研究。目前，NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。
上。 图4 拖拽应用 设置输入、输出关系。 fastp的两个输出参数fq-file1和fq-file2是bwa-mem算法的输入参数，bwa-mem的sorted-bam参数是bamqc与picard-insertsize输入参数，参考图进行连接。 图5 设置输入、输出关系 若想
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用
资产市场简介 资产市场是在EIHealth平台的基础上构建的开发者生态社区，提供镜像、数据、应用和流程的内容共享。提供安全、开放的资产共享和使用，加速基因、药物、临床应用的开发与落地，保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。 订阅资产 资产市场提供官方发布的镜像、数据、
使用Variant Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
如何将生物信息学软件封装为镜像并上传？ 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检查工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直
使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
计算资源说明 每个作业的运行依托的是后面的计算资源，所以需要管理员账号（主账号）提前购买计算资源。 若平台无计算资源，则投递的作业会出现等待情况，直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称，会出现账号的相关操作，包括系统资源，系统配置等。注意这里只有管理员
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流，一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器，您可以拖拽工具到画布中，可视化链接各应用，指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
gromos54a7力场，默认是amber99sb。 水模型：水模型支持spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p类型，默认是tip3p。 离子种类：支持NaCl、MgCl2、None几种类型。若平衡电荷设置为True，则不支持离子种类选择None。 离子浓度：离子浓度支持范围是0<离子浓度≤5mol/L，默认是0
导入数据库模板 导入模板 提供两种模板导入方式： 平台支持导入其他项目的模板，用户需是其他项目中的成员，且为其他项目的“所有者”或“管理员”，预置的模板不支持导入。 在左侧导航栏选择“模板”页签，单击“导入模板”。 导入方式选择“项目”，选择项目名称，勾选需要导入的模板，可以在“
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