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--vmd5 -M 否 上传完成后,验证桶中对象的MD5值是否与本地文件的MD5值一致。 如果待上传的本地文件较大,使用该参数将会因为计算MD5而导致整体性能下降。MD5值校验通过后,会将该值设置为对象元数据x-obs-md5chksum,用于下载或上传时校验MD5。 --threshold
议放到强约束条件设置里,因为弱约束不会做过滤。 如果进行了“靶点设置”,会自动加上相应靶点的“Binding Free Energy”才会计算对接结合能,并将对接结合能作为约束条件进行分子生成。 您可以通过“添加”来添加新的约束条件,也可以在操作列单击删除图标,删除约束参数。每个约束参数的含义参考相关参数。
时间步长:MD模拟的时间步长,范围支持0<时间步长≤5fs,默认是2fs。 温度:MD模拟的温度,范围支持0<温度≤1000K,默认是300K。 配置MD的计算步骤 Energy Minimization:能量最小化的步数,范围支持0<步数≤50000,默认是10000步。 NVT:等温等体步骤模
score分数。 similarity 靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度,计算的是ECFP4 Tanimoto相似度。 score 优化后小分子的综合打分。 Vina Score1 分子优化如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序,Vina Score Top1分数。
平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述
MILES为准。 选择算法:可以选择ECFP4 Tanimoto相似度或者骨架搜索。ECFP4 Tanimoto相似度是通过ECFP4指纹计算Tanimoto相似度来搜索相似度比较高的小分子。骨架搜索是通过设置分子骨架搜索具有相同骨架的分子。 选择数据库:最多可选择10个数据库。
制作业。 查看执行状态 您可以通过单击作业名称,进入详情页面,查看详细的运行信息。包括运行状态、标签、描述、创建时间、完成时间、运行时间、计算节点标签、加速类型、优先级等。单击“概述”列按钮,在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用;在作业的子任务中可以查看日志、事件
平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述
local_disk,则开启本地盘加速。 node_labels: # 计算节点标签 标签个数取值范围[0-1],单个节点标签最大长度56个字符,以字母或数字开头,可以包含下划线(_)、中划线(-)、点(.)、字母和数字,且必须以字母或数字结尾
步骤4:查看与执行操作命令 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。配置信息导入后,即可查询命令行工具支持的操作,并执行相关命令,使用EIHealth平台。 详细的操作命令请参见其他章节。 查询操作命令列表。
最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述
ina Score(有靶点)、Score、Similarity、QED、SaScore Vina Score:代表分子如果添加了靶点,将会计算对接结合能,并按照Vina Score进行排序 Score:代表优化后小分子的综合打分。 Similarity:代表优化后的分子与原始分子的相似度。
Score、Similarity(侧链修饰/骨架跃迁场景)、QED。 Score:代表小分子可合成性的综合打分。 Vina Score:代表分子如果添加了靶点,将会计算对接结合能。 Similarity:靶点口袋分子设计后的分子与原始分子的相似度。 QED:代表分子的成药性。 图4 查看运行结果(1) 图5
消息中心 消息中心用于所有用户的异步任务场景下的事件处理通知和系统通知,如项目删除、数据删除、数据导入、流程执行完成等,给予状态通知。 单击平台右上角图标,在弹出的“消息中心”中查看异步任务的操作记录和系统通知。 系统通知 在系统通知页签,可以查看系统通知的内容、时间。单击某个消
- 'echo eihealth;' node_labels: # 计算节点标签 标签个数取值范围[0-1],单个节点标签最大长度56个字符,以字母或数字开头,可以包含下划线(_)、中划线(-)、点(.)、字母和数字,且必须以字母或数字结尾
LigandDto 参数 是否必选 参数类型 描述 ligand 是 DrugFile object 配体文件。 count 是 Integer 计算个数。 最小值:1 最大值:1000000 表10 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体
MD模拟的温度,单位K。 最小值:0 最大值:1000.0 缺省值:300 step_params MdStepParam object 计算步骤参数 表11 MdStepParam 参数 参数类型 描述 energy_minimization_steps Integer 能量最小化的步骤。
MD模拟的温度,单位K。 最小值:0 最大值:1000.0 缺省值:300 step_params 否 MdStepParam object 计算步骤参数。 表10 MdStepParam 参数 是否必选 参数类型 描述 energy_minimization_steps 否 Integer
最大长度:10000000 表10 LigandDto 参数 参数类型 描述 ligand DrugFile object 配体文件。 count Integer 计算个数。 最小值:1 最大值:1000000 表11 DrugFile 参数 参数类型 描述 source String 受体的数据源:外部
该流程以CNVkit为核心,基于输入的fastq,以hg38人基因组数据生成的参考基因拷贝数分布为参考基线,能够自动的完成输入数据的比对排序,以及拷贝数分布计算,并输出可视化图表以供查看。 我的发布 在“资产市场>我的发布”中可以查看该用户所有发布资产的情况。对于发布成功的资产,可以在“组织共享”中查看和订阅。