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是10000步。 NVT:等温等体步骤模拟的时长,范围支持0<时长≤1000ps,默认是200ps。 NPT:等压等温步骤模拟的时长,范围支持0<时长≤1000ps,默认是500ps。 MD:平衡步骤模拟的时长,范围支持0<时长≤50ns,默认是50ns。 配置作业配置,单击“提交”。
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据,批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何
户通过项目进行资源的访问、共享和协作。 添加项目成员 移除、修改项目成员 成员角色和权限 添加项目成员 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 存在一个创建好的项目。 操作步骤 添加项目成员有两种不同的方法,请任选其中一种方法操作。
object 计算步骤参数。 表10 MdStepParam 参数 是否必选 参数类型 描述 energy_minimization_steps 否 Integer 能量最小化的步骤。 最小值:1 最大值:50000 缺省值:10000 nvt 否 Float 等温等体步骤模拟的时长,单位ps。
├─eihealth-project-name # 引用的项目名 │ ├─path1 # 引用的项目的源路径 ├─OBS:obs-bucket-name # 引用的外部桶名 │ ├─path1 # 引用的外部桶的源路径 ├─OBSFS:obsfs-bucket-name:
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数
object 计算步骤参数 表11 MdStepParam 参数 参数类型 描述 energy_minimization_steps Integer 能量最小化的步骤。 最小值:1 最大值:50000 缺省值:10000 nvt Float 等温等体步骤模拟的时长,单位ps。 最小值:0
目成员具备相应的权限,不同类型成员所拥有的权限请参见成员角色和权限。 冻结:冻结项目。一个项目可能由于某些原因暂时中止,此时可以将项目暂时冻结,待下次重新启动时再激活。处于“冻结”状态的项目,用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况,当前正在运行的分析作业会继续执
其他离子浓度的不对称分布就会形成线粒体膜电位,即MMP,测量活细胞中的MMP通常用于评估化学物质对线粒体功能的影响。0为MMP无活性,1为MMP有活性,数值在0~1之间。 结果解释:预测值的范围在0~1之间。 SR-p53: p53,一种肿瘤抑制因子,控制细胞周期的启动。在所有恶
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述
本文介绍了医疗智能体EIHealth各特性版本的功能发布和对应的文档动态,新特性将在各个区域(Region)陆续发布,欢迎体验。 2021年8月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 资产市场,提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。 提供了数据库的创建、查询和管理能力。
为example@huawei.com,电话为12345678910,作业配额为10,作业超时时长为1天,CPU的核数配额为50,内存的配额为128GB,用户可创建的项目数为2 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/users
获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook时所需的自定义镜像,依赖于医疗智能体平台自研的基础镜像,您需要基于获取的基础镜像制作自定义镜像。 先连接容器镜像服务,参考步骤1.连接
其他场景,app_id为系统分配的唯一标识 display_name: '步骤1' # 流程的子任务展示名称,最大长度64 resources: # 子任务的资源配额
String 流程的子任务展示名称 output_dir String 子任务的输出存放路径 whole_output_dir String 子任务的完整输出路径,查看流程不会返回,查看作业时才会返回完整输出路径 io_acc_type String 子任务使用的IO加速类型,不填表示不使用;
0 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。 上传镜像 请依据表1提供的镜像下载命令下载搭建NGS流程所需的镜像。并依据制作bwa-mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示,请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。
EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在
(NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序和表观遗传学等领域。 该流程以NGS得到的fastq作为输入,通过质控,比对等步骤,输出针对fastq的qc报告,输出STAR比对得到的bam文件。
EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建应用,创建好的应用将同步显示到EIHealth平台。