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若该镜像没有lastest版本则需进入dockerhub官网进行查询。 查看镜像是否pull成功。 用docker images命令查看镜像是否pull成功。如果您本地已经有很多镜像,防止查询出全部镜像,可在docker images命令后面添加 | grep pegi3s使查询更精准。 查询fastqc软件命令
系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu String gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
'0' # gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。
eihealth.01040008 Duplicate templates are selected for importing. 检查导入模板列表中是否有重复的模板。 400 eihealth.01040010 Template {0} is an imported one. It cannot
作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu 否 String gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu 否 String gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
获取数据库模板 使用get命令获取数据库模板列表、详情或者示例yaml文件。 命令结构 health get database template <template-id> [flags] 或者 health get db template <template-id> [flags]
关键概念 镜像 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平
购买存储套餐包 存储资源支持用户购买套餐包。存储资源包不能退订,不能抵扣已经产生的用量。您可以单击右上角“查询详情”,查看套餐包的具体使用量。 在平台右上角单击用户名,选择“系统资源”>“存储资源”。 在存储资源页面选择“套餐包”,单击“购买存储套餐包”。 图1 购买存储套餐包 填写套餐包的信息。
--input-file D:\data\data.txt # 本地文件中的内容需为json格式,示例如下。 # 同一个input参数,有多个参数值时,需使用;分隔。 { "task1":{ "data-01":"projectname:/test.txt"
查询流程 使用get命令查询流程的详细信息,该命令同时可以用于获取流程模板。 命令结构 health get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有流程信息。 指定workflow-i
项目简介 项目是盘古辅助制药平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据和创建作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 您可以创建项目,并向其中上传数据、创建作业。 在“项目列表”中,展示了当前用户有权限访问的项目。 图1 项目列表 查看项目信息 项
创建自动作业 针对存在需要批量创建分析作业的场景,您可以选择创建自动作业。 在“自动作业”页签,您可以查看已创建的自动作业,包含作业名称、状态、数据表、创建者、创建时间;在操作列,您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作,运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件
Number Variation(CNV)可以作为检测是否患癌的指标。本流程使用患者的NGS测序数据,进行CNV变异筛查,进而判断取样者是否有患癌风险。 该流程以CNVkit为核心,基于输入的fastq,以hg38人基因组数据生成的参考基因拷贝数分布为参考基线,能够自动的完成输入数
&& ./configure --prefix=/usr/local/samtools && make && make install 按Esc键,并执行:wq保存并退出Dockerfile。 制作镜像。 docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10
查询作业详情 使用get命令查询作业的详细信息,该命令同时可以用于获取作业模板。 命令结构 health get job ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有作业信息。 指定job-id时,列出具体作