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参数类型 描述 name String 评估指标的名称 最小长度:1 最大长度:32 value Float 评估指标的评估结果 请求示例 查询一个自定义属性 GET https://{endpoint}/v1/{project_id}/custom-props/{task_id} 响应示例
在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow-1.8”。 在新建的Notobook中,在代码输入栏输入如下命令。
单击“分子属性预测”功能卡片,进入配置页面。 图1 小分子配置页面 在配置页面输入分子信息,及配置相关参数。 输入方式:支持绘制分子、选择文件、手动输入。 绘制分子:只能绘制一个分子,能够输入分子的SMILES。 选择文件:选择分子文件,最多支持100万个小分子,且分子文件大小不超过2GB。支持SDF、MOL2、P
过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体: 将原始配体作为口袋位置,也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果没有受体口袋位置未知,可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。
请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。 Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。
计费 平台计费方式 保留期与欠费 话单延迟导致欠费 不同类型的归档,费用分别是多少
用的AI引擎,单击后将新建一个对应框架的Notebook文件。 由于每个Notebook实例选择的工作环境不同,其支持的AI框架也不同,下图仅为示例,请根据实际显示界面选择AI框架。 图3 选择AI引擎并新建一个Notebook 新建的Notebook文件将呈现在左侧菜单栏中。 图4
Array of strings 分子合成规划,列表内是reactions id score Float 当前分子合成路径的得分 请求示例 查询一个分子合成路径规划任务 GET https://{endpoint}/v1/{project_id}/task/synthesis/{task_id}
max_prediction_per_product 是 Integer 每个产物的最大反应数量 最小值:2 最大值:20 响应参数 无 请求示例 创建一个分子合成路径规划任务 POST https://{endpoint}/v1/{project_id}/task/synthesis {
医疗智能体使用IAM实现认证功能。 对象存储服务(OBS) 对象存储服务(Object Storage Service,简称OBS)是一个基于对象的海量存储服务,为客户提供海量、安全、高可靠、低成本的数据存储能力。 医疗智能体使用OBS存储原始数据、参考组数据、计算结果等。 容器镜像服务(SWR)
Encode -> Base64 Decode -> GZip Inflate -> UTF-8 Decode)以得到原始字符串;如未压缩则为原始字符串。 最小长度:0 最大长度:10000000 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 查询配体文件预览任务成功响应。 {
使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像
Token认证 Token的有效期为24小时,需要使用同一个Token鉴权时,可以缓存起来,避免频繁调用。 Token在计算机系统中代表令牌(临时)的意思,拥有Token就代表拥有某种权限。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限。
FlavorInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 cpu 是 Float notebook占用的cpu,0.1核为100m,单位为"C" 最小值:1 最大值:128 缺省值:1 gpu 是 Float notebook占用的gpu,0.1为使用单卡10%,1为占满单个显卡,1+为使用多个显卡 最小值:0
方式2:使用预置应用搭建NGS流程 将EIHealth平台预置的应用构建成流程,并运行作业。以二代基因组分析流程:fastp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装,将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用,不用担心复杂的开发环境问题。
FlavorInfo 参数 参数类型 描述 cpu Float notebook占用的cpu,0.1核为100m,单位为"C" 最小值:1 最大值:128 缺省值:1 gpu Float notebook占用的gpu,0.1为使用单卡10%,1为占满单个显卡,1+为使用多个显卡 最小值:0
等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成,在多个应用构成的流程中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 分析流程通过流程设计器创建,创建好的流程将存储于项目中。同时,您也可以通过“导入流程”的方法,将隶属于其他项目的流程导入至自己的项目中。
探针文件:探针分子建议原子数不超过400,分子量过大可以通过增大探针半径降低失败率,但无法保证一定成功。支持SDF、MOL2、PDB格式文件。若文件中含有多个配体,默认只处理第一个。 时间步长: 默认值为0.002ps,输入范围:0.001<dt<=0.002,单位:ps。分子动力学模拟的步长,建议不超过0.002ps,步长越大,越难收敛。
创建项目 您可以在“项目管理”页面创建一个新的项目。 在“项目管理”页面单击“创建项目”。 配置项目信息。 表1 参数说明 参数 说明 项目名称 项目名称长度限制3-45,以小写字母数字开头结尾,全文包含数字、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目,不支持
中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件 在“工具”中完成流程创建。 在“数据库”中完成样本集的数据库创建。数据库的每一行对应一个任务,如果满足触发条件,就会在平台自动运行,并在分析任务列表添加一条记录。 创建自动作业 在“作业”页面左侧,单击“自动作业”页签。 在页面左上角单击“新建自动作业”。