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命令结构 health nextflow delete workflow ID 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 不涉及 是 模板id 命令示例 health nextflow delete workflow 550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000
在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台创建作业过程一致。 修改yaml模板时,详细的命令和参数请参见作业配置文件说明。
表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 workflow_job_id 是 String workflow作业id 最小长度:1 最大长度:128 template_id 否 String 数据库模板id 最小长度:1 最大长度:128 database_name
id template_name String 模板名称 creator String 创建者 create_time String 创建时间 update_time String 更新时间 data_count Long 数据条目 source_project_name String
最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 实例名称 最小长度:3 最大长度:32 template_id 是 String 模板id 最小长度:1 最大长度:128 description 否 String
上传参数的模板可以通过单击进行下载。 如果流程设置了参数,作业上传的参数将会覆盖流程设置的参数。 单击“启动作业”。 父主题: Nextflow
--template-id -t 是 模板id。 --skip-lines -s 否 跳过的header行数。不指定参数值时默认为0。 --delimiter -e 否 常用的三种分隔符为(;,\t),也可以根据导入数据的文件格式设定其他分隔符。
检查模板文件名是否合法。 400 eihealth.01040012 Built-in templates cannot be deleted. 检查模板id是否为预置模板id。
数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。 应用管理 应用管理 导入应用、创建应用、获取应用详情、删除应用等相关操作API。 流程管理 流程管理 导入流程、创建流程、获取流程详情、删除流程等相关操作API。
镜像 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。
Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。
--yaml -y 否 本地的流程模板路径。 --summary -s 否 流程的简要描述。 --description -d 否 流程的详细描述。 --output_dir -o 否 输出路径。不指定时,以当前项目的根目录为工作路径。 --timeout -t 否 超时时间。
模板可以通过单击进行下载。如果上传参数有重名的参数,则只取最后一个参数的值。 添加参数方式:需手动配置相关参数的取值。 参数名称:设置参数名称,此参数为必填项。参数名不能相同。 类型:参数类型,此参数为必填项。取值范围:Other、 File、Directory。
Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。
StudyJobRsp 参数 参数类型 描述 id String study作业id workflow_job_id String workflow作业id name String 作业名称 status String 作业状态 template_id String 生成study作业结果的模板
数据库管理 您可以使用该工具创建、获取、删除和导入数据库模板,创建、获取和删除数据库实例,也可以引用数据库。 镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。 应用管理 应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。
StudyJobRsp 参数 参数类型 描述 id String study作业id workflow_job_id String workflow作业id name String 作业名称 status String 作业状态 template_id String 生成study作业结果的模板
数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking Summary”流程时,保存格式为.txt。
Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。 步骤1:新建fastqc镜像 在linux环境上配置docker环境。
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