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图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称：数据库的名称。 输出文件格式：可以将流程生成的分子对接结果，保存为.txt、.csv或.vcf格式。
新建CPI任务接口 功能介绍 输入蛋白序列、小分子库，创建分子-蛋白互作预测任务。
覆盖关系：作业->流程->应用 最小长度：0 最大长度：24 响应参数 无 请求示例 更新自动作业，更新自动作业的名称为demo-auto-job，使用的数据库列为user_name。
最小值：1 最大值：1000 缺省值：100 databases 否 Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。
获取系统资源 使用get命令获取购买的计算资源、性能加速资源、数据库资源、存储资源列表。
自由能微扰 自由能微扰基于纯国产分子动力学模拟库SPONGE，产生自动化FEP工作流，端到端计算配体修饰造成的亲和能改变。 单击“自由能微扰”功能卡片，进入上传文件页面。 在上传页面右侧，选择上传受体，上传配体，选择中心配体。 上传受体：受体仅支持PDB格式的文件。
如果在创建和追加数据库的过程，显示资源不足，需要扩容CSS集群。 若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。 在平台侧需要解绑并重新绑定。 CSS资源到期。
如果没有初始数据集，可以选择官方库，ZINC数据集。
聚类分析 聚类分析工具可以通过骨架聚类方法，将大型小分子数据库中结构相似的化合物聚成一类，从而找到有效骨架 ，辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片，进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式：选择文件和手动输入类型。
“神农项目”简介 “神农项目”是完全免费公开的新冠药物虚拟筛选数据库。在抗疫期间，为了寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式，华为云医疗智能体项目团队联合多家科研机构，从新冠病毒蛋白序列开始，针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化，获取了靶点蛋白的3D结构。
绑定CSS资源 使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源，购买步骤参考购买资源，绑定具体操作如下： 在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。 单击“绑定”进入绑定界面，选择要绑定的CSS集群名称、填写管理员账户名和管理员密码。
苗头化合物发现 在苗头化合物发现阶段，提供分子对接、口袋分子设计，分子属性预测功能，在分子对接中，预置了大量的分子库可供选择。 先导化合物优化 在先导化合物优化阶段，提供分子优化、靶点口袋分子设计（骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成）、自由能微扰、合成路径规划功能。
图3 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板：使用资产市场订阅的流程时，模板已预置，无需选择数据库模板。 数据库名称：数据库的名称。
是 String 数据库名称 最小长度：3 最大长度：32 relative_path 是 String 生成数据库实例的文件相对路径 最小长度：0 最大长度：1024 output_file_type 是 String 生成数据库实例的文件类型。
配体来源包含：数据中心、示例数据、公共库。且公共库预置了分子数据库，包含了陶术数据库、DrugSpaceX数据库、DrugBank数据库可以进行使用，单击“公共库”，可以进行选择。 图2 选择配体文件 单击“下一步”，在对接设置页面配置相关参数。
数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。 应用管理 应用管理 导入应用、创建应用、获取应用详情、删除应用等相关操作API。 流程管理 流程管理 导入流程、创建流程、获取流程详情、删除流程等相关操作API。
购买计算资源（主账号操作） 计算资源说明 资源看板 计算资源 存储资源 性能加速（可选） 数据库（可选）
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
缺省值：true 表5 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。
缺省值：true 表5 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。
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