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绑定CSS资源 使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源,购买步骤参考购买资源,绑定具体操作如下: 在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。 单击“绑定”进入绑定界面,选择要绑定的CSS集群名称、填写管理员账户名和管理员密码。
如果在创建和追加数据库的过程,显示资源不足,需要扩容CSS集群。 若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。 在平台侧需要解绑并重新绑定。 CSS资源到期。
图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。
聚类分析 聚类分析工具可以通过骨架聚类方法,将大型小分子数据库中结构相似的化合物聚成一类,从而找到有效骨架 ,辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片,进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式:选择文件和手动输入类型。
图3 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板:使用资产市场订阅的流程时,模板已预置,无需选择数据库模板。 数据库名称:数据库的名称。
创建归档 使用create命令创建数据归档。 命令结构 health create archive <archive-name> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-name 无 是 归档名称。
“神农项目”简介 “神农项目”是完全免费公开的新冠药物虚拟筛选数据库。在抗疫期间,为了寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式,华为云医疗智能体项目团队联合多家科研机构,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取了靶点蛋白的3D结构。
如何在Notebook中安装外部库 在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow
是 String 数据库名称 最小长度:3 最大长度:32 relative_path 是 String 生成数据库实例的文件相对路径 最小长度:0 最大长度:1024 output_file_type 是 String 生成数据库实例的文件类型。
只能用来运行作业,导入数据到数据库等操作。 图3 引用数据 URL导入数据 以URL导入的方式添加数据类似于linux中的wget操作。单击“添加URL”按钮可以添加具体的链接,最多可添加10条链接。 图4 URL导入数据
图4 引用的数据 引用OBS类型数据时,如果数据在OBS中的存储类型为“归档存储”,则将该数据引用过来后,该数据不能用于创建分析作业、数据库导入数据,并不可下载、归档。
数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。 应用管理 应用管理 导入应用、创建应用、获取应用详情、删除应用等相关操作API。 流程管理 流程管理 导入流程、创建流程、获取流程详情、删除流程等相关操作API。
top_n Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) 最小值:1 最大值:1000 表5 SearchResult 参数 参数类型 描述 smiles String 分子SMILES表达式 databases Array of strings 搜索使用到的数据库集合
用户指南(基因平台) 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境(Notebook) 大规模药物虚拟筛选
数据库管理 您可以使用该工具创建、获取、删除和导入数据库模板,创建、获取和删除数据库实例,也可以引用数据库。 镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。 应用管理 应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。
PAINS: 频繁命中化合物过滤,PAINS数据库具有480个子结构。 结果解释:数值代表有多少个子结构匹配该数据库,可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 ALARM NMR Rule: 频繁命中化合物过滤,ALARM NMR数据库具有75个子结构。
检查引用数据库id是否为源项目的引用数据库。 400 eihealth.01040022 Data cannot be imported to a referenced database. 请选择非引用数据库进行数据导入。
API(医疗智能体平台) 项目管理 系统管理 数据管理 数据库管理 应用管理 资产市场 notebook开发环境 Nextflow接口
购买计算资源(主账号操作) 计算资源说明 资源看板 计算资源 存储资源 性能加速(可选) 数据库(可选)
API(盘古辅助制药平台) CSS集群管理 药物通用接口 药物数据库管理 药物作业管理 自由能微扰作业管理 分子对接作业管理 分子合成路径规划作业管理 分子优化作业管理 靶点口袋发现作业管理 靶点口袋分子设计作业管理 分子属性预测作业管理 分子搜索作业管理 分子生成作业管理 CPI