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排查思路 首先需要用户自行确认一下投递的作业是否会在控制台打印日志,如果是有重定向日志输出到具体文件的话,此处无日志为正常现象。 子任务的事件中,确认作业子任务的实例是否有正常创建。 图2 子任务的事件 查看实例的事件,查看实例是否有正常创建。 图3 实例的事件 解决方法 若子
[flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 srcdir 无 是 源路径,支持本项目和其他项目的路径。 当源路径为其他项目时,与EIHealth平台数据导入功能对应,即拷贝其他项目文件至本项目。 destdir 无 是 目的路径,只支持本项目路径。 --rename
识别。列信息包含列名、描述、类型、允许为空、是否主键、是否可查询、是否唯一、提示和操作信息。单击添加列可新增一列,最多支持100列。单击操作列的图标可以删除列。 列名 列的名称不可以和PostgreSQL 11版本的关键字冲突。 是否主键 主键用于唯一地标识数据表中的信息,可通过
权信息等。 如下公共消息头需要添加到请求中。 表3 公共请求消息头 参数名 说明 是否必选 示例 Content-type 消息体的类型(格式),默认取值为“application/json”。 是 application/json 例如,对于获取用户Token接口,由于不需要认
64 表4 DatabaseTriggerDto 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 触发器的列名,取值范围:[1,63] 最小长度:1 最大长度:63 judge_mode 是 String 触发器的判断模式 枚举值: gte lte gt lt like notlike
校验token 功能介绍 校验token是否可访问当前环境 URI GET /v1/{project_id}/users/token-verification 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 id 是 String 计算资源id 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型
并设置是否“清空作业状态更新列”,状态更新列的值为空的数据才会投递作业。 选择“新建一列”,需要输入新建的列名。 图2 设置作业基本信息 定义触发器。使用触发器来筛选需要运行作业的数据,并且满足状态更新列的值为空的数据才会被投递作业。 单击“添加条件”,在数据列名、判断模式、值
在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
64 表4 DatabaseTriggerDto 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 触发器的列名,取值范围:[1,63] 最小长度:1 最大长度:63 judge_mode 是 String 触发器的判断模式 枚举值: gte lte gt lt like notlike
如何进行实名认证 实名认证入口 使用已注册的华为账号登录“华为云”。 单击账号名下拉框中的“账号中心”。 进入“账号中心”页面。 单击左侧导航中的“实名认证”,选择认证类型(个人认证/企业认证),根据页面提示进行实名认证。 实名认证类型介绍 表1 实名认证详细介绍 账号类型 认证类型(任选一种类型)
NGS流程简介 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅地提高了测序速度,有力推动了相关研究。目前,NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。
b_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
体水平上的缺失或扩增性突变,因此Copy Number Variation(CNV)可以作为检测是否患癌的指标。本流程使用患者的NGS测序数据,进行CNV变异筛查,进而判断取样者是否有患癌风险。 该流程以CNVkit为核心,基于输入的fastq,以hg38人基因组数据生成的参考基
<srcdir> <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 srcdir 无 是 源路径。可以为已引用的数据,查看引用数据时,需要使用绝对路径。 destdir 无 是 目的路径。 --rename -e 否 重命名,下载文件时可选。 --recursive
同步:命令执行完成后,保证本地源路径是OBS指定目标桶的子集,即本地源路径下的所有文件均能在OBS指定目标桶中找到对应对象。 命令结构 health sync <src> <dest> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 src 无 是 被同步的目录或文件。 destdir
health upload <srcdir> <destdir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 srcdir 无 是 源路径。 destdir 无 是 目的路径。 --rename -e 否 重命名,上传文件时可选。 --recursive -r 否 递归
计算资源 单击计算资源页面,列表中会显示已购买的计算资源,以及是否可用等信息,若新购买的账号则列表为空。 图1 计算资源 单击“购买计算资源”按钮购买计算资源。可以根据业务需要选择不同的资源类型,其中可用区可以选择任意可用区即可。并支持包年包月购买,或者按需购买。 图2 购买计算资源
health-macOS-x86_64.tar、health-macOS-x86_64.tar.sha256 本页面命令行工具下载后,在使用时,需用到您注册华为账号并开通华为云时提供的用户名等信息,用于登录并操作EIHealth平台的项目、数据等资产。这些信息的处理将遵循您已接收的《华为云用户协议》及《隐私政策声明》约束。
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