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靶点口袋发现 靶点口袋发现实现全新元动力学算法，高效遍历柔性蛋白表面，找到潜在口袋位置。 单击“靶点口袋发现”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，选择靶点文件、探针文件，配置相关参数信息。 靶点文件：支持PDB格式文件。 探针文件：探针分子建议原子数不超过400，分子量过大可以通过增大探
购买计算资源（主账号操作） 计算资源说明 资源看板 计算资源 存储资源 性能加速（可选） 数据库（可选）
048。 图2 靶点配置选择文件 输入PDB ID，最多输入100个PDB ID，用逗号或换行方式隔开；不区分大小写；如果输入多聚体靶点，仅解析第一条链；每个靶点的氨基酸序列长度不超过2048。 图3 靶点配置输入PDB ID 在配置页面输入分子信息，及配置相关参数。 输入方式：支持绘制分子、选择文件、手动输入。
参数 参数类型 描述 smiles String 分子SMILES表达式 databases Array of strings 搜索使用到的数据库集合 top_n Integer 期望最大返回条目数（排序后取Top） 最小值：1 最大值：1000 表5 SearchResult 参数
用户指南（盘古辅助制药） 欢迎使用盘古辅助制药平台 关键概念 准备工作 配额管理 系统设置 项目管理 功能模块 AI模型 自定义数据库 数据管理 作业管理 收藏夹 相关参数
标签页面管理 导入镜像、更新镜像、创建镜像、删除镜像等相关操作API。 数据管理 数据管理 数据归档、数据管理等相关操作API。 数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。 应用管理 应用管理 导入应用、创建应用、获取应用详情、删除应用等相关操作API。 流程管理 流程管理
用户指南（基因平台） 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境（Notebook） 大规模药物虚拟筛选
CANCELLED lmx-test-01 2021-02-01 11:11:27 lmx-database-01 data DATABASE_IMPORT xxx PROCESSING lmx-test-01 2021-02-01
“神农项目”简介 “神农项目”是完全免费公开的新冠药物虚拟筛选数据库。在抗疫期间，为了寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式，华为云医疗智能体项目团队联合多家科研机构，从新冠病毒蛋白序列开始，针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化，获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过850
PAINS： 频繁命中化合物过滤，PAINS数据库具有480个子结构。 结果解释：数值代表有多少个子结构匹配该数据库，可以通过DETAIL查看所匹配的子结构特征。 ALARM NMR Rule： 频繁命中化合物过滤，ALARM NMR数据库具有75个子结构。 结果解释：同PAINS。
API（盘古辅助制药平台） CSS集群管理 药物通用接口 药物数据库管理 药物作业管理 自由能微扰作业管理 分子对接作业管理 分子合成路径规划作业管理 分子优化作业管理 靶点口袋发现作业管理 靶点口袋分子设计作业管理 分子属性预测作业管理 分子搜索作业管理 分子生成作业管理 CPI作业管理
合成路径规划 合成路径规划基于盘古药物分子大模型，根据给定的目标分子，可以设计出完整且合理的合成路径。 单击“合成路径规划”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，可以在左侧绘制分子，也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件：支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。
API（医疗智能体平台） 项目管理 系统管理 数据管理 数据库管理 应用管理 资产市场 notebook开发环境 Nextflow接口
流程创建成功后，您可以对流程进行编辑，删除操作。 编辑 选择已创建成功的流程，单击操作列的“编辑”，进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改，您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”，可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称，进入流程详情页面，单击流程文件后的“下载”，可下载该流程文件。
在“功能模块”页面，选择对应的模块，单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面，配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建 新建作业 单击“新建”，在新建作业页面选择对应的模块。 图1 新建作业 单击“确定”，在对应的模块页面配置详细信息，具体请参考功能模块。 克隆作业 克隆已有的作
ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称，取值范围：[5
从头生成：通过指定的口袋从头生成小分子。 选定设计方式后，上传靶点结构，并配置其他参数。 图1 查看配置页面 靶点结构：选择靶点结构文件，仅支持PDB格式。若文件中包含多个受体，则默认只处理第一个。 单击下一步，配置配体文件，支持选择原始配体与上传配体文件两种方式 选择原始配体：选择靶
情况，直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称，会出现账号的相关操作，包括系统资源，系统配置等。注意这里只有管理员账号有系统资源，系统配置等操作，具体说明请参见用户管理。 图1 系统资源 父主题： 购买计算资源（主账号操作）
图1 设置靶点优化配置页面 单击“下一步”，配置靶点优化配置参数。 MD引擎：仅支持GROMACS。 时间步长：MD模拟的时间步长，范围支持0<时间步长≤5fs，默认是2fs。 温度：MD模拟的温度，范围支持0<温度≤1000K，默认是300K。 配置MD的计算步骤 Energy
受体文件。 ligand TargetOptLigand object 配体文件。 md_params MdParam object MD参数配置。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 name String 作业的名称，取值范围：[1,
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