检测到您已登录华为云国际站账号，为了您更好的体验，建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
检测到您已登录华为云国际站账号，为了您更好的体验，建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
BaseRecalibrator 基于比对bam文件评估矫正参数。 gatk-bqsr:4.1.9.0 gatk ApplyBQSR 基于比对bam文件进行矫正。 gatk-applybqsr:4.1.9.0 gatk HaplotypeCaller 基于比对和矫正之后的bam文件进行Variant Calling的工作。
通过OBS同步数据 “Upload”上传数据大小受限时，您可以通过以下多种方式将文件上传到OBS中，通过OBS与Notebook进行数据同步。 表1 上传数据方法 上传方法 说明 “数据”页面上传 通过“数据”页面上传数据，支持上传最大为1GB的单个文件。 使用命令行工具上传 命令行工具（eih
private url 是 String 文件URL，用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度：1 最大长度：2000 eihealth_project_id 否 String 数据库文件所在项目id，仅文件为数据中心时填写。 最小长度：1 最大长度：128 响应参数
workflow -s命令获取创建流程的模板，复制模板并保存到本地，您可以保存成.yaml或txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 在本地编写模板，模板填写好后，再使用命令行工具上传模板，创建流程。示例流程由app1和app2两个应用构成，通过指定输入、输出关系链接两个应用。
单击“分子对接”功能卡片，进入分子对接受体预处理页面，单击上传受体文件，进行受体蛋白预处理配置。 受体文件仅支持PDB格式，若文件中存在多个受体，默认只处理第一个。受体文件支持上传1个或者多个文件，最多支持输入20个受体文件，文件来源包含数据中心、PDB库、示例数据。 图1 上传受体文件 受体预处理参数配置。 去水：去掉受体蛋白里面的水分子。
创建配体文件预览任务 功能介绍 创建配体文件预览任务，支持SMI、SDF、PDB、MOL2。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview 表1
String 文件夹名称 最小长度：1 最大长度：2000 parent_folder 否 String 所在文件夹 最小长度：0 最大长度：2000 响应参数 状态码： 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 创建文件夹返回体 请求示例 创建文件夹，文
图1 聚类分析配置页面 输入方式：选择文件和手动输入类型。 上传分子文件：选择可上传的分子文件。分子文件支持SMI格式文件；文件大小不超过5G；小分子支持10-10,000个，超出10,000的分子会进行截断。 输入小分子：可以通过上传文件或输入SMILES以输入小分子。 名称：
数组长度：0 - 1000 has_more Boolean 文件中是否还有更多配体没有处理；即当前数量是否表示整个文件的配体数量，若该值为false则表该配体文件含有count数量个配体；若该值为true则表示该配体文件含有大于count数量个配体（即count不完全统计）；例如
步骤3：上传镜像 步骤4：创建应用 步骤1：搭建Docker环境 搭建Docker环境，您可以任选以下两种方式搭建Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS，并通过ECS搭建Do
删除配体文件预览任务 功能介绍 删除配体文件预览任务。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview/{task_id} 表1 路径参数
file 是 ConvertFile object 待转换文件。 in_format 是 String 待转换文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI。 最小长度：0 最大长度：6 out_format 是 String 转换后文件格式，支持PDB、SDF、MOL2、SMI。 最小长度：0
您可以通过“上传靶点”，将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件，提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后，运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体： 将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测
单击“合成路径规划”功能卡片，进入配置页面。 在配置页面，可以在左侧绘制分子，也可以通过上传分子文件方式上传分子或者在白框内输入小分子SMILES表达式。 上传分子文件：支持SDF、MOL2、PDB、SMI格式文件。 最大搜索路径个数：合成路径规划的路径数量。路径数量增加，将展示更多的合理合
单击“确定”，完成镜像导入。 从其他项目导入的镜像，在镜像列表“源项目”列中，显示所属的项目。 客户端上传镜像 使用命令行工具eihealth-toolkit上传镜像，详细的上传过程请参见上传镜像到SWR镜像仓库，详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 父主题： 镜像管理
本示例中使用华为云弹性云服务器服务（ECS）创建一台云服务器，并使用快照方式制作bwa镜像。 购买弹性云服务器。 云服务器创建成功后，在云服务器列表页，选中待登录的弹性云服务器。单击“远程登录”，输入ECS初始账号，登录ECS。 图1 云服务器列表 安装容器引擎。 例如，在Linux操作系统下，可以使用如下命令快速安装容器引擎。
生效。 --o -o 否 生成结果清单文件的文件夹，命令执行完成后，会在该文件夹下生成结果清单文件（可能包含成功结果、失败结果和警告结果三个文件），默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_output。 结果清单文件命名规则：mv_{succeed | failed
在“作业”列表中，可单击作业名称查看作业信息和输入输出数据。 图8 查看作业信息 单击输出路径，可跳转至输出文件位置。html文件支持在线预览，zip文件可下载至本地查看。 图9 输出数据 图10 预览html文件 图11 获取zip文件 父主题： 运行作业
可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所有的蛋白质和配体小分子文件里面的小分子进行一一对接。 超时时间 根据受体配体对个数进行调整，一个受体配体对对接大约需要25s。
-f 否 要导出的id列表文件，使用job-id文件导出作业时必选。 job-id-file 无 否 要导出的id列表的文件位置。 文件内容格式：{"ids":"id1;id2;id3"}。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节
长按/截图保存，微信识别二维码
或者关注公众号“华为云”
