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使用cd命令在EIHealth项目中切换数据路径。 命令结构 health cd <path> 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 当前目录,不进行跳转。 health cd . 切换到上一级路径。
指定具体项目名称时,返回此项目的详情信息。 为空时,获取当前用户有权限访问的项目列表。 --current -c 否 同时使用project-name和--current,查询当前所在的项目详情信息。 --policy -p 否 查看项目的数据权限策略。 命令示例 本节以Windows为例介绍eiheal
--project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用job-id导出作业 health export job -i
否 指定用户的SK。 --t -n 否 指定用户的securitytoken。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 删除某个文件的分段任务 health abort /tmp/a -r
选择“作业>分析作业>Nextflow”,单击“新建作业”。 设置作业参数。 作业名称:设置作业名称。名称长度为1-63,只允许出现中划线、字母和数字。 标签:设置作业标签。最多可以设置5个。 描述:作业描述。 流程名称:选择已创建的流程,如果还未创建,可参考新建流程进行创建。 优先级:设置作业优先级。在资源充足的情
单击“新建应用”,创建fastqc应用。 图3 设置镜像名称、版本等信息 镜像启动命令如下所示。镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号{}扩起,以$符号进行引用。 fastqc -f fastq -o ${output-dir} ${input-file} 图4 设置CPU、内存、输入输出参数
--commands -c 否 镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例。 --image -i 否 镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址。 --labels -l 否 标签,多个标签使用;符号分隔开。 --nodeLabels -n 否 用于让应用调度到设置了该标签的节点上。 标签数量取值范围[0
请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 schedulable 是 Boolean 是否可调度 响应参数 无 请求示例 设置是否可调度,设置为可调度 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}
最大值:1000 disk_encrypt 是 Boolean 磁盘是否加密 响应参数 无 请求示例 创建数据库资源,选择规格,设置磁盘大小为0,设置磁盘加密 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id
单击“确定”,引用其他项目中的数据至本项目。 引用的数据和项目将显示在左侧的数据列表中。 图4 引用的数据 引用OBS类型数据时,如果数据在OBS中的存储类型为“归档存储”,则将该数据引用过来后,该数据不能用于创建作业,并不可下载。 平台系统管理员在自己的所有者、管理员、操作者项目可以引用OBS类型
数据控制与数据审计 数据保护策略 项目内的数据支持精细化的权限控制,可对数据分享、下载、删除进行设置。您可以在项目的“设置”页面设置数据权限。数据权限仅可以有项目所有者设置。 分享:关闭分享后,项目内数据不允许分享给其他项目,包括拷贝、引用两种方式。 下载:关闭下载后,项目内数据不允许下载至本地。
最小值:1 最大值:1000 schedulable 否 Boolean 资源是否可调度 响应参数 无 请求示例 更新性能加速资源配置,设置作业数配额为2,设置我可调度 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_i
引用OBS类型数据时,如果数据在OBS中的存储类型为“归档存储”,则将该数据引用过来后,该数据不能用于创建分析作业、数据库导入数据,并不可下载、归档。 引用外部OBS桶的数据时,在页面左侧数据栏中,将显示出完整的外部桶目录结构,对于非引用路径的数据,不支持数据归档操作。例如,桶中有文件,路径为a/b/c,引用c
关键概念 镜像 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平
HTTP请求方法 方法 说明 GET 请求服务器返回指定资源. PUT 请求服务器更新指定资源。 POST 请求服务器新增资源或执行特殊操作。 DELETE 请求服务器删除指定资源,如删除对象等。 HEAD 请求服务器资源头部。 PATCH 请求服务器更新资源的部分内容。当资源不存在的时
说明 project-name 无 否 项目名称,不填时默认为当前所在项目。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 执行以下命令,删除项目demo-project。 health delete
镜像管理简介 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台
方式一:对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。 例如,存在输入参数a和输入参数b,在启动作业时,分别给参数a设置了2个参数值,给参数b设置了2个参数值。那么,系统将自动生成4个作业并发执行。
# IO加速实例id,为空则不开启IO加速,设置相应加速包id将会开启加速,当id设置为:auto_schedule,则会自动调度加速包,当id设置为 local_disk,则开启本地盘加速。 node_labels:
当系统盘和数据盘的总配额为3000GB时,如需增加,请联系管理员。 节点数上限 设置自动扩容的节点数上限。 取值范围为0-50。 节点数下限 设置自动扩容的节点数下限。 取值范围为0-50。 CPU执行规则 设置CPU自动扩容的条件。 启用规则:默认开启。 触发条件:设置CPU分配率达到