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受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋，检测类型基于配体，基于氨基酸残基，自动检测，自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
参数名称：html-file 数据类型：File 必传：是 默认值：/gatk4-VariantQC.html 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
health upload D:\local\data\xxx.R1.fastq.gz /input-data/ 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
Reads比对到参考基因组上，同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测 基于上述比对得到的bam文件，通过GATK4做Variant Calling，输出变异检测结果。 基因组变异检测质控 通过VariantQC对vcf进行质量控制，输出变异数目，变异类型统计等指标。
搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮，保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
discvrseq-variantqc 输入参数 ref-file file 参考基因组序列。 variants-file file 变异检测软件（gatk4）生成的变异文件（vcf file）。 输出参数 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。 html-file
以提高并行运行效率，镜像制作方法请参见制作gatk-haplotypecaller镜像。 gatk MergeVcfs 合并分bin变异检测的VCF文件。 gatk-mergevcfs:4.1.9.0 docker pull broadinstitute/gatk:4.1.9.0
memory: 10G gpu_type: '' gpu: '0' ... 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息，为了避免密钥泄露，会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 父主题： 基于二代测序的基因组突变检测
最小长度：1 最大长度：128 from_time 否 Long 查询监控数据起始时间，UNIX时间戳，单位毫秒，不填时默认为当前时间 to_time 否 Long 查询监控数据截止时间，UNIX时间戳，单位毫秒，不填时默认为当前时间 method 否 String 统计方法。枚举值，取值
是否必选 参数类型 描述 from_time 否 Long 查询监控数据起始时间，UNIX时间戳，单位毫秒，不填时默认为当前时间 to_time 否 Long 查询数据截止时间，UNIX时间戳，单位毫秒，不填时默认为当前时间 period 否 String 监控数据周期。枚举值，取
是否必选 参数类型 描述 from_time 否 Long 查询监控数据起始时间，UNIX时间戳，单位毫秒，不填时默认为当前时间 to_time 否 Long 查询数据截止时间，UNIX时间戳，单位毫秒，不填时默认为当前时间 period 否 String 监控数据周期。枚举值，取
查询该时间之前创建的数据作业，获取数据作业列表时生效。 时间类型为时间戳。 --status -s 否 数据作业状态，根据作业状态筛选作业，获取数据作业列表时生效。 --begin-time -b 否 查询该时间之后创建的数据作业，获取数据作业列表时生效。 时间类型为时间戳。 --creator -c 否 创
"data" : "xxxxxxx" } } 响应示例 状态码： 200 口袋检测成功响应。 { "result" : 0.9 } 状态码 状态码 描述 200 口袋检测成功响应。 错误码 请参见错误码。 父主题： 药物通用接口
数据作业执行日志 表4 CheckpointRsp 参数 参数类型 描述 source String 数据名称 timestamp String 日志时间戳 message String 执行信息 请求示例 获取数据作业执行日志 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud
创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用，或将其编排至流程，和其他应用一起使用。
方式1：使用预置的NGS流程 使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1：订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程，以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2：订阅数据 若您本地有需要分
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后，在医疗智能体平台搭建NGS流程，执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒（COVID-19）虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台
药物通用接口 生成分子SVG图 生成分子SDF三维结构 受体预处理 受体信息解析 受体口袋检测 配体格式转换为SMILES 生成相互作用2D图 计算配体间的3D结构差异 创建配体文件预览任务 查询配体文件预览任务 删除配体文件预览任务 创建配体相似性图计算任务 查询配体相似性图计算任务
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