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图7 gatk-mergevcfs、discvrseq-variantqc连线关系 搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮,保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理 > 工具”页签中。 图8 NGS流程 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
图4 查看运行结果(1) 图5 查看运行结果(2) 图6 查看运行结果(3) 图7 查看分子详情 图8 查看作业信息 聚类分析 目前靶点口袋分子设计返回的结果小分子数较多,无法进行批量分析,通过一些聚类的辅助方式能更好的选择分子。
图1 项目管理 分享项目 前提条件 平台管理员首先通过“用户管理”功能添加平台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 已创建一个项目。 操作步骤 单击“操作”列“分享”。 图2 分享项目 输入已添加至平台的用户名称。
图7 查看结果(1) 图8 高级筛选 下载操作会产生流量费用,具体可参考计费说明。 分子生成结果支持以卡片视图的形式进行查看,参考图10,在卡片视图中: 单击右上方的选择下拉框,可以选择分子的排序方式,将分子按照所选的排序方式进行展示。
存储资源 存储资源的计费模式是按需或者购买套餐包的形式, 按需计费可根据数据量的大小收费,故不需要提前进行购买 套餐包需提前购买,当存储用量超过套餐包规格时,超出部分将自动按量按需计费 图1 存储资源 图2 存储套餐包 图3 购买存储套餐包 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
图3 重置用户信息 重置密码 最终租户在用户管理页面,可以重置用户的密码。在用户操作列,单击“重置密码”,重置用户的密码信息。 图4 重置密码 父主题: 用户管理
图3 下载数据 删除数据 以下操作步骤是在“数据中心”页面删除数据。 删除数据 单击“操作”列的“删除”,删除数据。 图4 删除数据 批量删除 勾选文件名左侧图标,单击“删除”,删除数据。
图9 输出数据 图10 预览html文件 图11 获取zip文件 父主题: 运行作业
图5 查看结果(2) 图6 查看结果(3) 查看作业信息页面。 从作业结果页面单击“作业信息”查看作业信息界面。 图7 查看作业信息 父主题: 苗头化合物发现
在图2中,页面最右侧显示结合能的最大值和最小值,以及对应的列名称、行名称。 单击列名称或行名称,在弹窗中单击图标,可以对结合能数据进行排序。 单击图标,在弹窗中可以自定义选择要显示的列。 图1 神农项目 图2 药物筛选结果 父主题: 大规模药物虚拟筛选
图3 引用数据 URL导入数据 以URL导入的方式添加数据类似于linux中的wget操作。单击“添加URL”按钮可以添加具体的链接,最多可添加10条链接。 图4 URL导入数据
图4 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 图5 作业参数配置 进入流程设计器页面。单击输入参数图标,设置输入数据。 图6 流程设计器 单击应用图标,弹出编辑图标,单击按钮,设置应用参数。 在“高级参数”下面可以设置加速类型。
图3 消息通知 邮箱中接收到的消息通知如图4所示。 图4 邮箱消息通知 父主题: 系统设置
图4 用户配额设置 父主题: 用户管理
图3 选填信息 单击“确认”,完成子用户创建。 父主题: 用户管理
图2 查看结果(1) 分子属性预测结果支持以卡片视图的形式进行查看,参考图3,在卡片视图中: 单击右上方的选择下拉框,可以选择分子的排序方式,将分子按照所选的排序方式进行展示。
图2 选择安装方式 单击“开始安装”。 卸载Nextflow 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“卸载”。 图3 卸载Nextflow 在弹出的对话框中输入“yes”,单击“确定”。 父主题: Nextflow
图2 配额设置 在“配额设置”页面,开启“用户资源配额”开关,填写“最大作业运行数”、“最大CPU占用核数”、“最大内存占用”、“最大作业运行时间”、“最大创建项目数”。 图3 设置参数 填写完成后,单击“确定”。 父主题: 系统设置
图5 项目状态 父主题: 项目管理
图2 批量删除标签 查找标签 在搜索框中输入标签名称关键字,单击按钮进行查找。 图3 查找标签 父主题: 系统设置