检测到您已登录华为云国际站账号，为了您更好的体验，建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
检测到您已登录华为云国际站账号，为了您更好的体验，建议您访问国际站服务网站 https://www.huaweicloud.com/intl/zh-cn
不再显示此消息
下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构 health switch project <project-name> # 命令示例，例如进入到名为eihealth-user-project的项目中 health switch
评估测序的Reads数目，测序Base数，测序深度等。 低质量Reads过滤 过滤低质量的测序Reads，得到Clean Reads。 基因组比对 将Clean Reads比对到参考基因组上，同时输出比对率、深度、覆盖度的统计信息。 基因组变异检测 基于上述比对得到的bam文件，通过GATK4做Variant Calling，输出变异检测结果。
下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构 health switch project <project-name> # 命令示例，例如进入到名为eihealth-user-project的项目中 health switch
9”，如果选择Snt9，GPU需求需要是0、1、2、4、8。 GPU需求：请按实际需求填写，只能输入0到16的正整数。 计算节点标签：请选择标签名称，不支持多选。应用将会调度到有相应节点标签的计算节点。计算节点标签设置方法请参见计算资源标签管理。 图4 CPU、内存、GPU 填写输入参数、输出参数。
fastqc命令进行搜索镜像。 若dockerhub上没有想要的镜像，可以利用基础的操作系统镜像进行构造，构造方式请参见用户指南。 选择和获取镜像。 搜索到的镜像列表中选择一个fastqc镜像进行pull，这里我们选择pegi3s/fastqc。 pull镜像。 若该镜像没有lastest版本则需进入dockerhub官网进行查询。
步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节介绍如何通过循环读取输入数据，批量运行NGS。同时，您也可以参考本示例，将批量运行的方法复制到其他的分析任务中。 配置命令行工具 批量执行分析需要通过命令行工具完成。请参考配置命令行工具章节，下载命令行工具并完成配置。 获取NGS作业配置文件
biocontainers/fastp:v0.20.1_cv1 Mapping and Sort and index 将质控之后得到的Clean Reads比对到参考基因组上。 bwa-mem:0.7.17 该镜像由bwa和samtool合并而成，镜像制作方法请参见制作bwa-mem镜像。 Insert
导入用户时不能超出配额。如果超出配额，进行配额调整后，5分钟后生效。 以用户组的方式导入时，若超出配额的部分会导入失败。 以用户组的方式导入时，用户组里已经导入到平台的用户，不算统计个数。例如，用户组A里50个用户，10个已经导入平台， 那么统计时，只会显示已选择40个用户。 IAM平台限制一个IAM
口袋发现时长：默认值为50ns，输入范围：20-50。 表面原子离散点数量：每个表面原子离散点数量。默认值为20，输入范围: 10-50。 探针半径：控制产生的离散点到表面原子的距离。默认值为1.4 ，输入范围: 1.4-5，单位：Å。 名称：可修改，修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符；仅可以使用
导入用户时不能超出配额。如果超出配额，进行配额调整后，5分钟后生效。 以用户组的方式导入时，若超出配额的部分会导入失败。 以用户组的方式导入时，用户组里已经导入到平台的用户，不算统计个数。例如，用户组A里50个用户，10个已经导入平台， 那么统计时，只会显示已选择40个用户。 IAM平台限制一个IAM
能开始搜索。默认值30min，取值范围5-60。 每个产物最大反应数量：合成路径中每一个中间产物最多有多少种可能的反应，按照反应置信度从高到低排序。最大反应数量增加，每个中间产物的可搜索反应范围数量增加，作业运行时间延长；最大反应数量减少，可能会有部分合理反应未能纳入搜索。默认20，取值范围2-20。
镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址。 --labels -l 否 标签，多个标签使用;符号分隔开。 --nodeLabels -n 否 用于让应用调度到设置了该标签的节点上。 标签数量取值范围[0,1]。单个标签最大长度为63字符，必须以health.开头。 --project 无 否 指定
相同，可参考。 上传数据前需要使用switch命令进入待操作的项目。例如，使用health switch project test命令进入到名为test的项目中。 将本地数据上传到test项目中的src文件夹中。 详细的数据操作命令，如下载、删除、拷贝、切换路径等请参见“命令行工具
效率提升。 AutoGenome AutoGenome为Notebook镜像，是一个利用AutoML等技术帮助科研工作者在基因组学数据上端到端实现深度学习网络搜索，训练，评估，预测和解释的工具包。 数据 人基因组数据 GRch38-reference数据集为人类基因参考基因组，广
下载EIHealth平台bucket-test项目中src/abc.txt文件到本地的data路径中。 health download /src/abc.txt D:\local\data 下载项目中的abc.txt文件到本地，重命名为abc1.txt。 health download /src/abc
path>方式列举，project-name必须是已经引用了的，要求path格式是绝对路径。如果path是文件夹，则后面要加/标识。当cd到其他项目路径时，如果要查看本项目内容，使用绝对路径即可，如：health ls /abc/。 --limit -l 否 列举查询结果的最大个
hedule，则会自动调度加速包，当id设置为local_disk，则开启本地盘加速。 --nodeLabels -l 否 用于让作业调度到设置了该标签的节点上。如果所有节点都不满足该标签，则调度失败。 标签数量取值范围[0,1]。单个标签最大长度为63字符，名称必须以health
"name": "xxxxxxxx" //替换为实际的project name，如cn-north-4 } } } } 到这里为止这个请求需要的内容就齐全了，您可以使用curl、Postman或直接编写代码等方式发送请求调用API。对于获取用户Token接口，返
license: xxx # workflow的许可证 # 下载workflow详情到a文件夹 health get workflow 3df8c00e-0291-11ed-973f-fa163e507c84 -d ./a
的流程，命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系，完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程，创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。 获取流程模板 使用health get workflow -s命令获取创建流程的模板，复制模板并保存到本地，您可以保存成
长按/截图保存，微信识别二维码
或者关注公众号“华为云”
