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如何搭建Docker环境 制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。
制作Docker镜像 制作Docker镜像,有以下两种方法。 快照方式制作镜像(偶尔制作的镜像):在基础镜像上,比如Ubuntu,先登录镜像系统并安装Docker软件,然后整体制作快照,即可得到所需软件的Docker镜像。
获取docker login指令 功能介绍 获取docker login指令 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。
上传镜像 通过health docker push命令将镜像上传至EIHealth平台项目中。
获取镜像 获取创建分析应用的镜像 创建分析应用时,您可以通过Docker Hub等镜像仓库,搜索引擎,自己制作等途径获取所需的镜像。 例如,可在Docker Hub获取bwa软件(用于将基因序列比对到参考基因组上)。
查询镜像 使用health docker images命令查询项目中的镜像。 命令结构 health docker images [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --name -n 否 查询指定镜像名下的所有tag信息,支持模糊查找。
命令示例 health docker pull demo-project/demo-image:v1.0 # 执行成功返回结果如下 6be353e4af51: Pull complete Digest: sha256:8c00710a899746ec54677db64fd3284d2f880bd6265eb0347be1e0cb1cce6530
health docker update demo-image --type APP --chip ARM # 执行成功返回结果如下 update image successfully! 父主题: 镜像管理命令
将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令,请在本地搭建Docker环境,要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目,需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。
将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。
curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 容器镜像服务支持使用容器引擎1.11.2及以上版本上传镜像。 父主题: 镜像管理
# 命令结构 health docker push <image-name:tag-name> [flags] # 命令示例 health docker push project-demo-image:v1.0 执行health docker images命令查看已有的镜像。
简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言,它能够很好的管理生信流程,并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用,可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移,并且能够保证结果的可重复性。
2.0.0 health docker push gatk-markduplicates:4.1.9.0 health docker push gatk-bqsr:4.1.9.0 health docker push gatk-applybqsr:4.1.9.0 health docker
curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 配置完成后,运行docker命令,可查看docker的信息。 图1 docker信息 构建fastqc镜像。
curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 检查安装结果。 执行docker --version命令,如果显示如下类似信息,表示Docker安装成功。
curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 检查安装结果。 执行docker --version命令,如果显示如下类似信息,表示Docker安装成功。
health docker rmi demo-image:v1.1 或 health docker rmi lmx-project-01/demo-image:v1.1 # 执行成功返回结果如下 untagged:lmx-project-01/demo-image:v1.1 父主题
请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。