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labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 upstream_job_info 否 String 上游作业信息。
of FailedReasonRecord objects 部分失败原因和数量。 表19 FailedReasonRecord 参数 参数类型 描述 reason String 失败原因。 count Integer 失败数量。 请求示例 无 响应示例 状态码: 200 OK {
将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构 功能介绍 将传入的蛋白和小分子拼接成复合物结构。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/toolkit/complex-combine
labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 upstream_job_info 否 String 上游作业信息。
标签,创建应用时,通过设置标签指定应用运行在具有相同标签的计算节点上,实现运行作业按标签进行调度。 调度设置:设置为“不可调度”后,作业将无法运行到此计算节点。 图4 标签管理 计算资源节点自动扩缩容 为了满足客户业务对节点的需求,医疗智能体(EIHealth)平台支持用户设置节点自动扩缩容策略。
配额管理 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
导出作业 使用export命令导出作业信息。 导出的作业信息会以zip文件格式保存到当前目录,zip文件中包含以下两个文件: jobDetails.zip:保存job的yaml文件 jobInfo.csv:保存job信息 命令结构 # 使用job-id导出作业 health export
labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 upstream_job_info 否 String 上游作业信息。
导出作业元数据 Task失败状态条显示说明 每个Task 状态条显示成三段:Task添加重试失败总时间、当前pod等待时间、pod运行时间。 第一段表示所有重试失败的总时间,第二段表示当前pod等待时间,第三段表示当前pod运行时间。 如果所有重试pod都失败,则显示一个总的失败时间。如果没
当作业执行超时,作业状态显示失败,task状态为运行中。后续task运行成功或失败,作业状态都显示失败。可参考作业投递后处于运行中,运行过程正常,但是最后超时失败进行处理。 如果性能加速节点不可用或作业配额不足,重试作业时,超过配额的作业会重试失败。 图1 分析作业 图2 作业搜索
响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 status String 异步任务的状态:等待中、运行中、已完成、失败 枚举值: waiting running finished failed task_data CustomPropsTaskData object
情页查看运行详情。“运行中”的作业不允许取消。 成功:作业运行成功。可单击作业名称,进入详情页查看运行详情。 失败:作业运行失败。可单击作业名称,进入详情页查看运行失败原因。 取消中:对“等待中”的作业,执行“取消”操作,取消运行。 已取消:取消运行成功。 父主题: 作业管理
job_quota Integer 运行的最大作业数量 create_time String 购买时间 failure_reason String 失败原因 status String 状态 schedulable Boolean 资源是否可调度 表5 SpecDto 参数 参数类型 描述
配额说明 为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》
OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,当数据大于40G时作业会投递失败。 使用OBS桶中的数据投递作业时,作业将数据copy至云硬盘后,数据变大了4096byte,导致作业投递失败。 图3 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
charge_mode String 计费模式 create_time String 购买时间 failure_reason String 失败原因 status String 状态 availability_zone_id String 可用区 schedulable Boolean
本示例中制作FastQC镜像,并基于镜像创建应用,运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的
镜像管理简介 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台
labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 upstream_job_info 否 String 上游作业信息。
关键概念 镜像 运行生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平