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Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook，可为您提供在线的开发和调试工具，用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作，只需聚焦于科研工作，从而加快科研进展。 关于Jupyter No
上传镜像前，您需要安装容器引擎并完成镜像的制作，详细操作请参考安装容器引擎、制作Docker镜像。如果您已经安装了容器引擎，请跳过该步骤。 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构 health switch project
在EIHealth平台，创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出，对于由多个应用搭建出来的流程，命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系，完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程，创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。 获取流程模板
新建流程 选择“工具>Nextflow”，单击“新建流程”。 填写流程基本信息。 名称：设置流程名称。名称长度为1-56，只允许出现中划线、下划线、字母和数字。 标签：选择流程标签，最多可添加5个。 描述：设置流程相关描述。 单击“下一步”，添加流程文件。 单击“流程文件”后面的“添加”，添加流程文件。
以下操作步骤是在“数据”页面下载数据至本地。您也可以使用命令行工具实现数据的下载。 在EIHealth平台“项目 > 数据”页面，展开数据文件夹，选择待下载的数据。 单击“操作”列“下载”。 单击鼠标右键，选择“链接另存为”，下载数据。 图1 下载数据 使用命令行工具下载数据 使用download命令将E
docker images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 登录EIHealth平台，在镜像列表中查看已上传的镜像。 步骤4：创建应用 在“项目管理”页面“工具”页签中，单击“新建应用”。 填写应用的基本信息。 “名称”填写fastqc，“版本”填写v0
单击应用图标，弹出编辑图标，单击按钮，设置应用参数。 参数确认无误后，单击界面上方“启动作业”按钮，可以直接基于该流程创建分析作业。 通过“工具”页面创建 在“工具”页面，流程列表中，单击“操作”列“启动作业”。在弹出的作业设置页面，填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”，设置“输
≤ dt ≤ 0.005，单位：ps。分子动力学模拟的步长，建议不超过0.002ps，步长越大，越难收敛。 预平衡时长：默认值：100ps，取值范围：0-200ps。对体系进行预平衡模拟，使体系温度、压强、密度等达到平衡状态。预平衡模拟时长=预平衡步数×时间步长。时长增加，作业运行时间延长。
不完整。可通过手动删除文件中REMARK行来解决该问题。 如下所示： 分子优化靶点设置界面，受体展示正常。 但是下载该靶点文件后，使用通用工具Mol 3D Viewer打开，会出现蛋白显示不完整的情况，如下图所示。 此时可将受体文件中的REMARK行进行删除，即可解决该问题。 父主题：
≤50000，默认是10000步。 NVT：等温等体步骤模拟的时长，范围支持0<时长≤1000ps，默认是200ps。 NPT：等压等温步骤模拟的时长，范围支持0<时长≤1000ps，默认是500ps。 MD：平衡步骤模拟的时长，范围支持0<时长≤50ns，默认是50ns。 配置作业配置，单击“提交”。
力支持，让科研过程标准化、可执行，提升医疗健康的服务能力和普惠水平。同时通过丰富的加速技术，实现算法工具的数倍加速，加速生物医疗大数据的分析。 平台由项目管理、数据管理、作业、工具、开发环境、镜像等核心部件组成，各个部件沉淀了丰富的技术细节和人性化的设计。 初学者能够基于页面可视
型在分子生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上，通过基本原理，构筑起一套模型和算法，从而计算出合理的
型在分子生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟分子结构与行为，进而模拟分子体系的各种物理、化学性质的方法。它是在实验基础上，通过基本原理，构筑起一套模型和算法，从而计算出合理的
分享：关闭分享后，项目内数据不允许分享给其他项目，包括拷贝、引用两种方式。 下载：关闭下载后，项目内数据不允许下载至本地。 删除：关闭删除后，项目内数据不允许通过平台、命令行工具删除。 图1 数据保护策略 数据审计 平台通过云审计服务（CTS）提供操作记录的收集、存储和查询，审计操作可以设置导出用户的写操作（默认）
使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1：订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程，以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2：订阅数据 若您本地有需要分析的二代基因组数据，则您可以用本地的数据。数据上传方法请参见上传数据。
）两部分，华为云通过AK识别用户的身份，通过SK对请求数据进行签名验证，用于确保请求的机密性、完整性和请求者身份的正确性。 您在使用命令行工具时，需要使用AK/SK进行身份验证。 操作步骤 登录华为云管理控制台，鼠标指向页面右上角的用户名，在下拉列表中单击“我的凭证”。 图1 我的凭证入口
建者、创建时间；在操作列，您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作，运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件 在“工具”中完成流程创建。 在“数据库”中完成样本集的数据库创建。数据库的每一行对应一个任务，如果满足触发条件，就会在平台自动运行，并在分析任务列表添加一条记录。
update app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 可选： 应用的ID（app-id），使用命令行工具创建应用时生成。示例请参见创建应用命令示例。 应用的名称、版本、所在项目名称（app-name:version:srcproject），s
workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 可选： 流程的ID（workflow-id），使用命令行工具创建流程时生成。示例请参见创建流程命令示例。 流程的名称、版本、所在项目名称（workflow-name:version:srcproje
0%+。平台提供靶点发现，苗头化合物发现，先导化合物优化全流程药研所需功能。同时基于云原生的软硬件一体化加速，大大提升虚拟筛选和分子动力学模拟计算效率。 全平台无需软硬件安装调试成本，开箱即用，随时可用。全平台包括盘古辅助制药赋能药物研发的全链条任务，将新药研发从“马拉松”迈向“加速跑”。
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