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作业执行失败排查思路 启动作业后作业一直处于已提交的状态 问题现象 作业投递后一直处于已提交的状态。 问题排查和解决方案 查看execution log， 若execution log为空，请提交工单或联系服务技术支持。 execution log 提示K8S pod can‘t
添加数据 在添加数据前，您可以创建存储数据的文件夹，将数据存储在对应的文件夹中。如果已有存储数据的文件夹，可以直接添加数据。 （可选）新建文件夹 在项目页面选择“数据中心”。 单击“新建文件夹”，创建文件夹。 图1 新建文件夹 文件夹名称命名规则： 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。
如何将Notebook中的数据下载至本地 在Notebook页面，可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时，您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
添加数据 在添加数据前，您可以创建存储数据的文件夹，将数据存储在对应的文件夹中。如果已有存储数据的文件夹，可以直接添加数据。 （可选）新建文件夹 单击项目名称，并选择“数据”。 图1 数据管理 单击“新建文件夹”，创建文件夹。 文件夹名称命名规则： 支持创建单个文件夹和多层级的文件夹。
创建Notebook 在开始进行模型开发前，您需要创建Notebook，并打开Notebook进行编码。 在“项目管理 > 开发”页面，单击“创建Notebook”，参考表 参数说明填写信息。 图1 创建Notebook 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名
数据的上传和下载 在Notebook页面，可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时，您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
获取镜像 获取创建分析应用的镜像 创建分析应用时，您可以通过Docker Hub等镜像仓库，搜索引擎，自己制作等途径获取所需的镜像。 例如，可在Docker Hub获取bwa软件（用于将基因序列比对到参考基因组上）。 以下类型镜像，建议您通过Docker Hub获取，不建议自己制作。
Notebook安装Conda指导 打开Notebook，在“File”页签下选择“Terminal”。 图1 选择Terminal 下载和安装Anaconda。 获取Repository和Anaconda安装包。 Repository: https://repo.anaconda
药物虚拟筛选 计算机辅助药物虚拟筛选是新药早期研发的重要环节，可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算蛋白与药物之间的结合能量，并且依托云端大算力实现超大规模筛选和成药性分析，从成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物，从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚
制作并上传镜像 NGS流程由fastp、bwa-mem、picard-insertsize、qualimap-bamqc、gatk-markduplicates、gatk-bqsr、gatk-applybqsr、gatk-haplotypecaller、gatk-mergevcf
收藏夹 收藏夹用于收藏用户的任务结果，通过单击相应的作业名称跳转到作业详情页面，可以收藏大小分子，并在收藏夹中查看。收藏夹内分为小分子和大分子，小分子通常为低分子量的化合物，如蛋白质配体；大分子多为蛋白质靶点。 小分子涉及分子对接、分子优化、靶点口袋分子设计、CPI、分子生成、分子搜索、FEP、聚类详情页。
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台，进入项目并选择“工具 > 流程”页签，单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节，设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面，填写作业信息。 基本信息：包含作业名称、标签、描述。 输出路径：存放输出结果的路径，格
数据管理常用操作 复制数据 解除引用 下载数据 禁止/允许删除数据 删除数据 恢复数据 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限，详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称，不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符，将不支持下载，可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。
NGS流程简介 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时，大幅地提高了测序速度，有力推动了相关研究。目前，NGS已广泛应用于全基因组测序、外显子测序、表观遗传学修饰等重要的生物学问题。
下载镜像 通过health docker pull命令下载项目中的镜像。 命令结构 health docker pull <project-name>/<image-name>:<tag-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name
查看对象属性 查看对象属性。 命令格式 health stat <obj> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 obj 不涉及 是 查看的文件、文件夹对象。 注意： 如果为引用数据，必须要使用绝对路径（文件夹最后要加/）。未引用的数据不能查看。 --bf -b
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流，一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器，您可以拖拽工具到画布中，可视化链接各应用，指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
上传镜像 通过health docker push命令将镜像上传至EIHealth平台项目中。 命令结构 health docker push <image-name:tag-name> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 image-name 无 是 镜像名称。
“神农项目”简介 “神农项目”是完全免费公开的新冠药物虚拟筛选数据库。在抗疫期间，为了寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式，华为云医疗智能体项目团队联合多家科研机构，从新冠病毒蛋白序列开始，针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化，获取了靶点蛋白的3D结构。并对超过850
分子搜索 可自定义数据库，以用户输入的参考化合物结构为起点，可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序，可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片，进入分子搜索页面。 在配置页面，进行分子搜索配置，包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
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