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AI药物研究 父主题： 图解医疗智能体
数据库管理 数据库简介 创建数据库模板 导入数据库模板 创建数据库 引用数据库 管理数据库 父主题： 用户指南（基因平台）
大规模药物虚拟筛选 “神农项目”简介 药物虚拟筛选 父主题： 用户指南（基因平台）
项目管理 项目简介 创建项目 项目成员和权限 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
数据管理 数据管理简介 添加数据 数据管理常用操作 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
用户指南（基因平台） 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境（Notebook） 大规模药物虚拟筛选
genomeagent镜像 使用genomeagent镜像 genomeagent镜像功能点介绍 父主题： 资产市场
"enable_cold_archive" : true, "public_bucket_path" : "https://bucket.obs.cn-north-4.myhuawei.com" } 状态码 状态码 描述 200 OK 错误码 请参见错误码。 父主题： 系统配置和供应商配置
或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如，在Linux操作系统下，可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 容器镜像服务支持使用容器引擎1.11
-e 否 常用的三种分隔符为（;,\t），也可以根据导入数据的文件格式设定其他分隔符。 --files -f 否 生成实例数据的文件列表，多个文件用分号(;)分隔。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eih
String 主文件名 最小长度：4 最大长度：1023 params 否 File 流程参数列表文件，取值范围[0, 10M] 响应参数 无 请求示例 更新Nextflow流程，修改流程描述为description，标签为labelA,labelB，流程主文件为main.nf https://eihealth
8g，高优先级的先投递。 图1 新建作业 单击“确定”，进入启动作业页面。 （可选）在启动作业页面，可以通过，添加作业相关参数。 上传参数的模板可以通过单击进行下载。 如果流程设置了参数，作业上传的参数将会覆盖流程设置的参数。 单击“启动作业”。 父主题： Nextflow
summary中保存有汇总的数据文件。 task-1-ligand 3dsdf to pdbqt：将配体的sdf文件转换为pdbqt文件。 task-2-ligand smiles to 3dsdf：将配体的smiles文件转换为3dsdf文件。 task-3-receptor
据集，作为该流程的原始输入。数据集总大小约 216MB。 docking summary测试数据 配体文件：小分子化合物SMILES结构式文件。 受体文件：蛋白3D结构PDB文件。 RNA-Seq测试数据及参考基因组数据集 RNA-Seq-Dataset数据集包含RNA-Seq分
命令行工具并完成配置。 获取NGS作业配置文件 编写NGS作业配置文件有两种方式，建议您使用第一种，通过获取已经执行成功的NGS配置文件，并在该配置文件基础上进行修改，得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。 方式一 使用EIHealth平台
通过单击操作列“删除”，可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称，进入流程详情页面，单击流程文件后的“下载”，可下载该流程文件。 下载流程参数 单击流程名称，进入流程详情页面，单击流程参数后的“下载”，可下载该流程设置的参数文件。 图1 下载流程文件/参数 父主题： Nextflow
针对构建Index后的bam文件，统计测序数据的Insert size的分布。 Bam QC 评估比对得到的bam文件的质量。 GATK MarkDuplicates 标记比对bam文件中的重复Reads。 gatk BaseRecalibrator 基于比对bam文件评估矫正参数。 gatk
notebook命令 创建notebook 获取notebook信息 删除notebook 编辑notebook 启动notebook 停止notebook
运行作业 方式1：使用预置的NGS流程 方式2：使用预置应用搭建NGS流程 方式3：自定义镜像运行FastQC流程
运行大规模虚拟药筛任务 药物数据输入格式说明 订阅Docking Summary流程 新建研究 查看药筛结果 查看药筛作业和结果下载
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