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单击“添加”,设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图3 设置成员角色 单击“确认”,将用户添加至项目中。 方法二 在项目列表中,单击“操作”列“分享”。 图4 分享项目 输入已添加至平台的用户的全称。 图5 输入用户名全称 单击“添加”,设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图6 设置成员角色
工具管理 工具管理简介 新建应用 导入应用 上传应用 发布应用 编辑应用 创建FastQC应用样例 新建流程 流程设计器 导入流程 上传流程 发布流程 添加分类标签 下载应用或流程 父主题: 用户指南(基因平台)
最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 receptors 是 Array of CpiReceptor objects 受体文件列表。 数组长度:1
最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 smiles_list Array of strings 分子表达式列表。 最小长度:1 最大长度:512 数组长度:10
最小长度:1 最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 smiles String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 molecule_file
如果在创建应用时打开了“并发”开关,可以设置多个参数值,批量执行作业。 数据上传完成后,在流程设计器页面,分别单击应用参数左侧图标,设置输入和依赖数据。NGS流程中输入输出参数说明如表2所示。 表1 流程输入、输出和依赖 类别 类型 说明 输入 Fastq 输入基于二代测序得到的原始Fa
状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info 表14-12 object 作业基本信息。 receptors Array of 表14-14 objects 受体文件列表。 数组长度:1 - 100 ligands Array of 表14-15 objects
内置大量生物医疗领域标准分析流程,并结合华为特有的高性能云计算,多样性算力,大数据等技术加速计算过程。 支持十亿节点、百亿边的超大规模图数据库查询,提供适用于基因和生物网络数据的图深度学习算法。 拥有基于基因组数据自动深度学习的技术框架AutoGenome,深度融合人工智能技术,
获取系统标签 使用get命令获取系统标签库列表。 命令结构 health get label [flags] 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 health get label #
本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。 图1 药物筛选之旅 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 资产市场,提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。 提供了数据库的创建、查询和管理能力。 支持药物虚拟筛选能力。 命令行工具迭代更新。 开放镜像管理类API。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2021年3月
最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 receptor 是 RunReceptorPreprocessReq object 受体蛋白文件。 ligand 是 ReceptorDrugFileReq object 配体小分子文件。 表4 RunReceptorPreprocessReq
状态码: 200 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 residues Array of ResidueDto objects 受体中的氨基酸残基列表。 ligands Array of ReceptorLigandInfoDto objects 受体中的配体列表。 数组长度:0
自动作业结束时间 database_id String 自动作业依赖的数据库ID database_column String 自动作业状态更新列 database_column_type String 自动作业状态更新列的类型,不填默认为EXISTED clean_database_column
单击界面右侧“订阅”图标,订阅该镜像。 订阅的镜像将显示在“项目管理 > 镜像”页面的镜像列表中。 步骤2:创建Notebook 在“项目管理 > 开发”页面单击“创建Notebook”,参考表 参数说明填写信息。 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名称。 描述 Notebook的简要描述。
使用get命令查看归档列表或者下载归档的全部数据清单。 命令结构 health get archive <archive-id> [flags] # 命令中的archive可替换为backup 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-id 无 否 归档id,不指定id表示获取归档列表,指定id表示获取归档详情。
序、转录组测序表观遗传学等领域。 该流程以NGS得到的fastq作为输入,通过质控,比对等步骤,输出针对fastq的qc报告,输出STAR比对得到的bam文件。 RNA-Seq流程由fastqc、trimmomatic、star应用构成,各应用说明如表1所示。 表1 应用说明 应用名称
数组长度:1 - 50 响应参数 状态码: 200 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 metric_statistics Array of ResourceStatDataRsp objects 资源统计数据列表 表5 ResourceStatDataRsp 参数 参数类型
录组测序表观遗传学等领域。 该流程以NGS得到的fastq作为输入,通过质控,比对,得到比对后的bam文件,及对fastq和bam文件的质控报告。 NGS流程由fastp、bwa-mem、picard-insertsize、bamqc应用构成,各应用说明如表1所示。 表1 应用说明
AI药物研究 AI基因组研究 03 入门 平台由项目管理、数据管理、作业、工具、开发环境、镜像等核心部件组成,各个部件沉淀了丰富的技术细节和人性化的设计。 初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。 快速入门 关键概念 使用流程