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修订记录 - 医疗智能体 EIHealth
修订记录 表1 修订记录 文档版本 发布日期 修改说明 04 2024-04-11 第四次正式发布。 新增: 支持分子搜索。 支持自定义数据库。 修改: 分子优化。 靶点口袋发现。 靶点口袋分子设计。 自由能微扰。 分子属性预测。 合成路径规划。 03 2023-12-30 第三次正式发布。
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自定义镜像创建Notebook样例 - 医疗智能体 EIHealth
自定义镜像创建Notebook样例 Notebook提供了在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码,在创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像。同时,您也可以使用自定义镜像,创建Notebook,满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Noteboo
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新建分子搜索任务接口 - 医疗智能体 EIHealth
参数类型 描述 smiles 是 String 分子SMILES表达式 databases 是 Array of strings 搜索使用到的数据库集合 top_n 否 Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) 最小值:1 最大值:1000 响应参数 无 请求示例 创建一个分子搜索任务
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JupyterLab简介及常用操作 - 医疗智能体 EIHealth
JupyterLab是一个交互式的开发环境,是Jupyter Notebook的下一代产品,可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下一阶段更主流的开发环境。JupyterLab支持更加灵活和更加强大的项目操作方式,但具有和Jupyter
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查询靶点口袋发现作业详情 - 医疗智能体 EIHealth
String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。
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查询分子搜索作业详情 - 医疗智能体 EIHealth
databases Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0 - 10 custom_databases Array of strings 可供搜索分子的自定义数据库名称列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0
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应用场景 - 医疗智能体 EIHealth
分子属性预测功能,在分子对接中,我们预置了大量的分子库可供选择。 先导化合物优化 在先导化合物优化阶段,提供分子优化、靶点口袋分子设计(骨架跃迁、片段优化、片段连接、片段生成)、自由能微扰、合成路径规划功能。 模型管理 支持客户用自己的数据进行模型训练、对模型进行管理以及在平台上用自己的模型进行分析。
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创建分子对接作业 - 医疗智能体 EIHealth
String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。
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创建靶点口袋发现作业 - 医疗智能体 EIHealth
String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。
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消息中心 - 医疗智能体 EIHealth
消息提示。 SUBSCRIBE_DATA 订阅数据。订阅数据时给予消息提示,订阅结果给予消息提示。 DATABASE_IMPORT 导入数据库。导入数据时给予消息提示,导入结果给予消息提示。 JOB_STATUS 作业状态。作业的状态发生跳变时给予消息提示。 MESSAGE_CLEAN
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计算配体间的3D结构差异 - 医疗智能体 EIHealth
String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。
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上传数据 - 医疗智能体 EIHealth
响。 --timeRange -T 否 上传文件时的时间段匹配模式,仅上传最后修改时间在该时间段内的文件。该匹配模式优先级低于文件名匹配模式:exclude和include,优先执行文件名匹配模式后才会执行该匹配模式。 使用“time1-time2”,代表匹配的时间段,其中tim
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创建配体文件预览任务 - 医疗智能体 EIHealth
String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。
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下载数据 - 医疗智能体 EIHealth
*”,代表匹配最后修改时间time1之后的所有文件。 该匹配模式表示的时间是UTC时间。该匹配模式仅适用于对象名非“/”结尾的对象。 --mf -m 否 设置名称匹配模式(include、exclude)和时间匹配模式(timeRange),对对象名以“/”结尾的对象也生效。 --o
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资产市场简介 - 医疗智能体 EIHealth
该流程主要基于Kraken2构建,跟进数据库进行物种注释。 RNA Cufflinks transcriptome analysis process 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大
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查询自由能微扰作业详情 - 医疗智能体 EIHealth
String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。
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创建自由能微扰作业 - 医疗智能体 EIHealth
String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。
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移动对象 - 医疗智能体 EIHealth
使用“time1-*”,代表匹配最后修改时间time1之后的所有文件。 该匹配模式表示的时间是UTC时间。该匹配模式仅适用于对象名非“/”结尾的对象。 --mf -m 否 设置名称匹配模式(include、exclude)和时间匹配模式(timeRange)对对象名以“/”结尾的对象也生效。 --o
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批量执行NGS分析 - 医疗智能体 EIHealth
批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据,批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节
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项目简介 - 医疗智能体 EIHealth
在项目中存储数据和创建作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 您可以创建项目,并向其中上传数据、创建作业。 在“项目列表”中,展示了当前用户有权限访问的项目。 图1 项目列表 查看项目信息 项目信息中提供了项目设置,成员管理,数据审计,您可以通过如下方式查看。