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否 Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0 - 10 custom_databases 否 Array of strings 可供搜索分子的自定义数据库id列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0
基础编程语言类镜像,如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像,如Tomcat、Mysql、Ngnix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。 系统镜像 工作环境选择PY3版本。 自定义镜像 创建Notebook
盘古药物分子大模型是基于华为与中科院上海药物所共同研发、专门面向药物研发领域推出的预训练大模型,旨在帮助医药公司开启AI辅助药物研发的新模式。盘古药物分子大模型学习了17亿个药物分子的化学结构,模型参数上亿,是目前最大的小分子药物模型。华为盘古药物分子大模型在分子生成、属性预测、生物活性预测
盘古药物分子大模型是基于华为与中科院上海药物所共同研发、专门面向药物研发领域推出的预训练大模型,旨在帮助医药公司开启AI辅助药物研发的新模式。盘古药物分子大模型学习了17亿个药物分子的化学结构,模型参数上亿,是目前最大的小分子药物模型。华为盘古药物分子大模型在分子生成、属性预测、生物活性预测
的使用情况、购买记录以及购买套餐包,也可以绑定CSS资源详细的购买步骤可以参考购买资源,此功能只支持专业版。 绑定CSS资源 使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源,购买步骤参考购买资源,绑定具体操作如下: 在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。
Source database {0} does not exist. 检查引用的数据库id是否正确。 500 eihealth.01040037 Database service is not available now. Please check the database resource
最大长度:128 template_id 否 String 数据库模板id 最小长度:1 最大长度:128 database_name 是 String 数据库名称 最小长度:3 最大长度:32 relative_path 是 String 生成数据库实例的文件相对路径 最小长度:0 最大长度:1024
strings 残基列表,当识别模式为残基时提供。 最小长度:4 最大长度:16 数组长度:1 - 32 表4 ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。
存储资源 存储资源的计费模式是按需或者购买套餐包的形式, 按需计费可根据数据量的大小收费,故不需要提前进行购买 套餐包需提前购买,当存储用量超过套餐包规格时,超出部分将自动按量按需计费 图1 存储资源 图2 存储套餐包 图3 购买存储套餐包 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
聚类分析 聚类分析工具可以通过骨架聚类方法,将大型小分子数据库中结构相似的化合物聚成一类,从而找到有效骨架 ,辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片,进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式:选择文件和手动输入类型。 上传分子文件:选择
SDF、PDB、MOL2格式。 受体蛋白:受体蛋白文件,支持PDB格式。 图2 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking
受体蛋白:受体蛋白文件,支持PDB、PDBQT格式。 图3 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板:使用资产市场订阅的流程时,模板已预置,无需选择数据库模板。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为
资产市场,提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。 提供了数据库的创建、查询和管理能力。 支持药物虚拟筛选能力。 命令行工具迭代更新。 开放镜像管理类API。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2021年3月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台迭代更新 支持消息、邮件、安全、商标设置。
据,创建、获取、删除、恢复归档数据,也可以对数据作业执行获取、删除、重试、取消操作。 数据库管理 您可以使用该工具创建、获取、删除和导入数据库模板,创建、获取和删除数据库实例,也可以引用数据库。 镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。
template_id String 生成study作业结果的模板id database_name String study作业结果的数据库实例名称 database_id String study作业结果的数据库实例id relative_path String 生成study作业结果的文件的相对路径
配体列表可显示总条数,但最多展示1000个小分子,对接时使用全量小分子。配体来源包含:数据中心、示例数据、公共库。且公共库预置了分子数据库,包含了陶术数据库、DrugSpaceX数据库、DrugBank数据库可以进行使用,单击“公共库”,可以进行选择。 图2 选择配体文件 单击“下一步”,在对接设置页面配置相关参数。
代码单元格。每一个Cell有两种模式:命令模式和编辑模式。 最左侧为蓝色条时,是命令模式,绿色条表示编辑模式(此时Cell中有光标,可以进行代码编写)。在命令模式下,按下“Enter”键或者鼠标单击代码框可以进入编辑模式。在编辑模式下,按下“ESC”键或者鼠标单击代码框左侧区域即可进入命令模式。 删除文件或文件夹
参数 参数类型 描述 smiles String 分子SMILES表达式 databases Array of strings 搜索使用到的数据库集合 top_n Integer 期望最大返回条目数(排序后取Top) 最小值:1 最大值:1000 表5 SearchResult 参数
标签页面管理 导入镜像、更新镜像、创建镜像、删除镜像等相关操作API。 数据管理 数据管理 数据归档、数据管理等相关操作API。 数据库管理 数据库管理 数据库管理、模板管理等相关操作API。 应用管理 应用管理 导入应用、创建应用、获取应用详情、删除应用等相关操作API。 流程管理 流程管理
template_id String 生成study作业结果的模板id database_name String study作业结果的数据库实例名称 database_id String study作业结果的数据库实例id relative_path String 生成study作业结果的文件的相对路径