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源项目名称,使用此参数时代表引用数据库实例。 --skip-lines -s 否 跳过的header行数,导入数据到数据库时此参数必填。 --delimiter -e 否 分隔符(;,\t),导入数据到数据库时此参数必填。 --files -f 否 导入文件列表,多个文件用分号(;)分隔,导入数据到数据库时此参数必填。
objects 预览配体信息列表。 数组长度:0 - 1000 has_more Boolean 文件中是否还有更多配体没有处理;即当前数量是否表示整个文件的配体数量,若该值为false则表该配体文件含有count数量个配体;若该值为true则表示该配体文件含有大于count数
如何使用Notebook的Terminal功能 对于习惯编码的开发者可以使用Terminal功能进行开发、调试和运行分析任务。 在“Files”页签下,单击右上角“Open JupyterLab”,然后选择“Terminal”,进入Terminal界面。 图1 Terminal
如何在Notebook中安装外部库 在Jupyter Notebook中安装 例如,通过Jupyter Notebook在“TensorFlow-1.8”的环境中安装Shapely。 打开一个Notebook实例。 在Jupyter控制面板中,选择“New”(新建),然后选择“TensorFlow-1
简写 是否必选 说明 instance-id 无 否 数据库实例 id,不填写时表示获取数据库实例列表,填写时表示获取数据库实例详情。 --data -d 否 是否查询数据库数据,需要和database-id参数一起使用。 --limit -l 否 限制量,默认为10,取值范围[0
查询资产版本详情 功能介绍 查询资产版本详情 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/assets/{asset_i
200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 basic_info DrugJobDto object 作业基本信息。 receptors Array of 表14-14 objects 受体文件列表。 数组长度:1 - 100 ligands Array of 表14-15
查询Nextflow配置详情 功能介绍 查询Nextflow配置详情 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/nextflow/engines/{id}
获取收藏夹列表 功能介绍 获取收藏夹列表。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/favorites 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
应用的参数和镜像启动命令如何设置 创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照Fa
必传:参数是否必传,此参数为非必填项。如果开启“必传”,则“值”为必填项。 描述:参数描述,此参数为非必填项。 操作:可以单击操作列“删除”,删除对应的参数。 图2 配置流程参数 参数配置完成后,单击“保存”。 流程创建成功后,单击“保存并启动作业”,或者在流程管理页面,单击流程列表操作列的“启动
如何将Notebook中的数据下载至本地 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
push fastqc:v0.11.5 执行health docker images命令查看已有的镜像。 详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。 登录EIHealth平台,在镜像列表中查看已上传的镜像。 步骤4:创建应用 在“项目管理”页面“工具”页签中,单击“新建应用”。
获取数据库列表 功能介绍 获取数据库列表。 URI GET /v1/{project_id}/drug/databases 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
查询分子对接作业详情 功能介绍 查询分子对接作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型
查询分子搜索作业详情 功能介绍 查询分子搜索作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/search/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
传数据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询,创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。 镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询,复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。 process test { container
获取项目列表 功能介绍 获取项目列表 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects 表1 路径参数
获取资产列表 功能介绍 获取资产列表 调试 您可以在API Explorer中调试该接口,支持自动认证鉴权。API Explorer可以自动生成SDK代码示例,并提供SDK代码示例调试功能。 URI GET /v1/{project_id}/assets 表1 路径参数 参数 是否必选
最大长度:32768 响应参数 状态码: 200 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 count Integer 镜像总数 images Array of ImageDetailRsp objects 镜像详情列表 表5 ImageDetailRsp 参数 参数类型 描述