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自己的分析流程。 使用流程 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用,并将其编排调度,形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。 图1 使用流程
医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装,应用既可以独立使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用,创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成,流程中的各个应用由其前后顺序关系形成数据流,前序应用为后
进入“专题”页签,单击“新建研究”。 图1 新建研究 填写任务的基本信息,包括选择任务所属项目,研究的名称和描述。 图2 基本信息 选择配体分子和受体蛋白。 作业名称:自定义名称 。 类型:选择小分子化合物。 流程:选择从资产市场中订阅的“Docking Summary”流程。 配体分子:配体分子文件,支持SMILES、SD
--begin-time -b 否 查询该时间之后创建的数据作业,获取数据作业列表时生效。 时间类型为时间戳。 --creator -c 否 创建者名称,根据创建者筛选作业,获取数据作业列表时生效。 --limit -l 否 限制量,单次查询总量,必须由数字组成,默认为10,取值范围[0,1000],获取数据作业列表时生效。
-a:提交的镜像作者,例如tsj。 container-id:容器id。 -m:提交时的说明文字,例如xx。 tsj/image:tag:仓库名/镜像名:TAG名,名称可自定义。 执行docker images查看制作完成的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像 如果后续镜像经常变更(例如某个软件更
设置消息清理规则 功能介绍 设置消息清理规则,支持修改记录数(1W-1000W) URI PUT /v1/{project_id}/messages/rules 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
health文件夹,文件夹中包含config.ini配置文件,用于存储任务执行所涉及到的配置,如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改,如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息,为了避免密钥泄露,会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 清空配置请执行health
单击“重置手机号”后,可以选择清除手机号或绑定新手机号。 单击“重置密码”后,输入新密码和确认密码。用户密码重置成功后,首次登录成功需要再次修改密码。 父主题: 用户管理
检查模板内容是否符合格式要求。 400 eihealth.01040002 Duplicate columns are not allowed. 检查定义的列名是否重复。 400 eihealth.01040003 Nullable cannot be set for columns that
资产市场简介 资产市场是在EIHealth平台的基础上构建的开发者生态社区,提供镜像、数据、应用和流程的内容共享。提供安全、开放的资产共享和使用,加速基因、药物、临床应用的开发与落地,保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。 订阅资产 资产市场提供官方发布的镜像、数据、
时填写。 最小长度:1 最大长度:128 响应参数 无 请求示例 数据库追加文件,追加数据为project:/file/test.csv,修改描述为simple database。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/drug/drug-database/{database_id}
到本地。可以保存成.yaml或.txt文件,保存为txt文件时,其内容需为yaml格式。 修改作业yaml模板。 在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台创建作业过程一致。 修改yaml模板时,详细的命令和参数请参见作业配置文件说明。 # 详情说明可参考API文档中作业管理-创建作业
设置作业配置 功能介绍 设置作业配置,目前支持修改作业保存条数(1万条-1000万条),默认设置为500万条; URI PUT /v1/{project_id}/system/job-config 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
String 新密码 最小长度:8 最大长度:32 响应参数 无 请求示例 重置新用户密码,校验码为string,校验方法为string,修改原始密码Original_Password@为New_Password@ https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud
source-image-name为待上传镜像名称,source-tag-name为待上传镜像标签,target-image-name和target-tag-name可自定义。 # 命令结构 health docker tag <source-image-name:source-tag-name> <targe
health”文件夹,文件夹中包含config.ini配置文件,用于存储任务执行所涉及到的配置,如密钥、区域、当前项目等信息。 生成的配置文件不建议直接修改,如需改动请使用命令行工具修改。 配置文件中保存有用户的AK、SK信息,为了避免密钥泄露,会对文件中的SK进行加密以保护密钥安全。 父主题: 基于二代测序的基因组突变检测
参数说明填写信息。 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名称。 描述 Notebook的简要描述。 镜像类型 选择“自定义”镜像。 工作环境 选择“autogenome”镜像。 CPU 设置CPU为8.0核。 GPU 设置GPU为1.0。 内存 设置内存大于50G。
受体口袋检测 功能介绍 检测受体口袋,检测类型基于配体,基于氨基酸残基,自动检测,自定义和全局对接。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/pocket
解冻:解冻项目。 转移:将项目转移给其他用户。“转移”只能由项目所有者发起,并只能转移给管理员,项目转移后,原用户角色由所有者转变为管理员。 分享:将项目分享给其他用户,并设置项目角色。项目分享后,项目将出现在被分享者的项目列表中。 删除:删除项目。需先冻结项目,才能执行删除操作。
是否必选 参数类型 描述 action 是 String 操作 枚举值: RETRY CANCEL OFFLINE 响应参数 无 请求示例 更改资产状态,重试资产发布 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project