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分子搜索 可自定义数据库,以用户输入的参考化合物结构为起点,可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
在上方单击“导出”,批量导出作业元数据信息。 图3 导出作业元数据 Task失败状态条显示说明 每个Task 状态条显示成三段:Task添加重试失败总时间、当前pod等待时间、pod运行时间。 第一段表示所有重试失败的总时间,第二段表示当前pod等待时间,第三段表示当前pod运行时间。
&& rm fastqc_v0.11.5.zip \ && chmod +x /FastQC/fastqc # 将FastQC添加到环境变量中 ENV PATH "/FastQC:$PATH" 按键盘Esc键,并执行:wq保存退出Dockerfile。 制作镜像。 docker
enum 否 Array of strings 枚举参数的取值列表,列表最大长度20,每一项字符串最长128。参数类型为ENUM时需要填此字段 最小长度:0 最大长度:128 数组长度:0 - 20 表6 AppOutputParameterDto 参数 是否必选 参数类型 描述
enum 否 Array of strings 枚举参数的取值列表,列表最大长度20,每一项字符串最长128。参数类型为ENUM时需要填此字段 最小长度:0 最大长度:128 数组长度:0 - 20 表6 AppOutputParameterDto 参数 是否必选 参数类型 描述
128 enum Array of strings 枚举参数的取值列表,列表最大长度20,每一项字符串最长128。参数类型为ENUM时需要填此字段 最小长度:0 最大长度:128 数组长度:0 - 20 表6 AppOutputParameterDto 参数 参数类型 描述 name
--sort-dir -s 否 降序或升序(分别对应desc和asc,默认为desc),获取归档列表时生效。 --sort-key -k 否 排序字段,支持type和end_time,默认为end_time,获取归档列表时生效。 --data-list -d 否 获取指定归档的全部数据清
是否删除原数据。如果选择删除原数据,系统会在归档完成后统一删除已归档数据。归档后的数据可在归档中心查看或恢复。 在归档过程中请不要对归档的文件或者文件夹进行添加、更改操作,以免造成您的数据损失。 选择归档数据 选择该项目下需要归档的数据。 单击“确认”,进行归档。 归档操作将记录在“归档”页面,您
用、安全可靠的镜像管理。单击项目名称,进入所选项目,在“镜像”页签中,以列表形式展示了项目中的镜像。您可查看镜像的详细信息,执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如,您可将Cell Ranger软件
sort_dir 否 String 降序或升序(分别对应desc和asc,默认为desc) 缺省值:desc sort_key 否 String 排序字段(支持type,create_time) marker 否 String 开始标签 最小长度:0 最大长度:2000 请求参数 表3 请求Header参数
指定对应数据。 镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询,复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。 process test { container 'swr.${regionID}.myhuaweicloud.com/eihealth/admet:2
sort_dir 否 String 降序或升序(分别对应desc和asc,默认为desc) 缺省值:desc sort_key 否 String 排序字段(支持type, end_time) 请求参数 表3 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String
取值范围:输入字符最大长度为255 最大长度:255 database_id 是 String 自动作业依赖的数据库ID 最小长度:1 最大长度:128 database_column 是 String 自动作业状态更新列 最小长度:1 最大长度:55 database_column_type 否 String
受体蛋白:受体蛋白文件,支持PDB、PDBQT格式。 图3 选择配体分子和受体蛋白 设置数据库。 数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板:使用资产市场订阅的流程时,模板已预置,无需选择数据库模板。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为
否 Array of strings 可供搜索分子的公共数据库名称列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0 - 10 custom_databases 否 Array of strings 可供搜索分子的自定义数据库id列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0
128 enum Array of strings 枚举参数的取值列表,列表最大长度20,每一项字符串最长128。参数类型为ENUM时需要填此字段 最小长度:0 最大长度:128 数组长度:0 - 20 表10 AppOutputParameterDto 参数 参数类型 描述 name
单击鼠标右键,选择“链接另存为”,下载数据。 图6 下载数据 禁止/允许删除数据 您可以对某个数据设置禁止删除。设置禁止删除后,该目录只能添加数据,不支持删除数据。也可以通过“允许删除”取消禁止删除设置。 图7 开启禁止删除数据 支持设置最多15个数据的禁止删除状态。 如果平台或
最大长度:128 template_id 否 String 数据库模板id 最小长度:1 最大长度:128 database_name 是 String 数据库名称 最小长度:3 最大长度:32 relative_path 是 String 生成数据库实例的文件相对路径 最小长度:0 最大长度:1024
执行health --help查询支持的操作命令。Linux系统下,需添加./指定当前路径。 执行操作命令,获取项目信息。 执行health get project命令查询当前账号下所拥有的项目和项目信息。Linux系统下,需添加./指定当前路径。 使用数据、应用、流程、作业命令时,需先使
使用get命令获取购买的计算资源、性能加速资源、数据库资源、存储资源列表。 命令结构 health get resource [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --type -t 是 名称,支持computing、performance、database、storage,分别代