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在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出,对于由多个应用搭建出来的流程,命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系,完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程,创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。 获取流程模板
简介 Nextflow是专门针对生物信息流程搭建而开发的一种框架语言,它能够很好的管理生信流程,并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用,可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移,并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的
Nextflow作业管理命令 启动作业 查询作业 删除指定作业 重试作业 停止作业 获取任务信息
项目角色为项目粒度权限控制,同一用户在不同的项目上可能拥有不同的角色。 创建的项目配额请参见配额管理进行查询。详细添加项目成员并分配角色的方法请参见添加项目成员。 父主题: 项目管理
调用说明 医疗智能体平台提供了REST(Representational State Transfer)风格API,支持您通过HTTPS请求调用。 调用方法请参见如何调用API。 父主题: 使用前必读
的存储类型为“归档存储”,则将该数据引用过来后,该数据不能用于创建作业,并不可下载。 平台系统管理员在自己的所有者、管理员、操作者项目可以引用OBS类型数据。平台系统管理员在自己的所有者、管理员、操作者项目可以解除引用OBS类型数据。其他角色的用户仅能使用引用进来的OBS类型数据。
商用 项目管理 预置流程 数据管理 工具管理 分析作业管理 开发环境 2020年8月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 医疗智能体EIHealth平台上线 基于华为云AI和大数据技术优势,为基因组分析、药物研发和临床研究三个领域提供的专业AI研发平台。平台提供大量相关
创建项目 新用户进入平台后需要自己创建项目,单击“创建项目”按钮,填写项目名称以及选择对应的数据保护策略,数据保护策略参考下面配置。 图1 创建项目 单击项目名称可进入到对应的项目中。 图2 进入项目
AI模型 创建模型 盘古辅助制药平台支持用户创建AI模型,目前AI模型只有专业版支持。AI建模支持创建属性模型和基模型。创建属性模型是基于自定义数据,对盘古药物分子大模型进行微调,进行属性预测和迭代活性优化,实现干湿实验闭环。基模型基于自定义化合物数据,对盘古药物分子大模型进行增量预训练,提升化合物表征精度。
个人设置 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,可以修改邮箱、手机号和密码。最终租户仅可修改邮箱和手机号,子用户可以修改可以修改邮箱、手机号和密码。 图1 修改个人信息 父主题: 系统设置
请使用最新版本的Microsoft Edge或Google Chrome浏览器登录华为云管理控制台,推荐使用最新版本的Google Chrome浏览器。 图2 服务列表 进入医疗智能体“总览”页面,单击“购买平台”。 图3 购买平台 购买盘古辅助制药平台。 图4 购买盘古辅助制药 区域:请就近选择靠近您业务的区
平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。 图3 平台ID 父主题: 获取并使用命令行工具eihealth-toolkit
平台ID与“命令行工具 > 步骤3 初始化配置”中的platform-id对应。 登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“个人设置”,获取平台ID。 图3 个人设置 图4 平台ID 父主题: 配置命令行工具
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
应用场景 AI医疗影像 AI药物研究 AI基因组研究 03 入门 平台由项目管理、数据管理、作业、工具、开发环境、镜像等核心部件组成,各个部件沉淀了丰富的技术细节和人性化的设计。 初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。
用户指南(盘古辅助制药) 欢迎使用盘古辅助制药平台 关键概念 准备工作 配额管理 系统设置 项目管理 功能模块 AI模型 自定义数据库 数据管理 作业管理 收藏夹 相关参数
参数说明 参数 简写 是否必选 说明 srcdir 无 是 源路径,支持本项目和其他项目的路径。 当源路径为其他项目时,与EIHealth平台数据导入功能对应,即拷贝其他项目文件至本项目。 destdir 无 是 目的路径,只支持本项目路径。 --rename -e 否 重命名,复制文件时该参数可选。
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter No
ows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Doc
使用自定义数据库之前需要先购买和绑定CSS资源,购买步骤参考购买资源,绑定具体操作如下: 在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。 单击“绑定”进入绑定界面,选择要绑定的CSS集群名称、填写管理员账户名和管理员密码。 单击“测试链接”验证用户名或密码无误后单击“确定”,即可完成绑定