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户均可对自己的邮箱、手机号码和密码进行修改。 在平台右上角用户名中选择“个人设置”,在“安全设置”中修改账号的安全信息。 图1 安全设置 如果创建平台用户时,未填写邮箱或手机号,则在进行安全设置时,会提示设置邮箱或手机号。 如果是最终租户,不支持修改密码。 父主题: 系统设置
当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook Notebook列表中所有文件的读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作,即Notebook中的数据和被挂载的OBS路径
不能进行资源访问,保留期内资源处理和费用详见“保留期”。保留期满仍未续订或充值,数据将被删除且无法恢复。 当平台处于冻结状态,且资源不再使用,您可以进入EIHealth控制台,在操作列的“更多”中手动删除或释放平台。 图1 删除平台(按需计费) 图2 释放平台(包年包月计费) 父主题:
参数说明填写信息。 表1 参数说明 参数名称 说明 名称 Notebook的名称。 描述 Notebook的简要描述。 镜像类型 选择“自定义”镜像。 工作环境 选择“autogenome”镜像。 CPU 设置CPU为8.0核。 GPU 设置GPU为1.0。 内存 设置内存大于50G。 存储路径
性能加速(可选) 当普通的计算资源不满足业务场景时,可以选择购买性能加速资源,加快算法的数据分析速度。 单击“购买性能加速”。选择包年包月或者按需,同时选择购买的性能盘大小。 图1 购买性能加速 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
参考表1,设置运行信息。 表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好,并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。 受体蛋白 选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所
只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块,单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。 GitHub获取:可以选择版本,目前支持选择的安装包版本v22.10.6,v22.10
登录平台 主账号 登录EIHealth管理控制台。 选择华为账号登录。 图1 主账号登录 子账号 登录EIHealth管理控制台。 选择IAM用户登录。 图2 子账号登录
数据归档配置 设置平台数据归档的区域。 在账号下面选择“系统设置”。 图1 选择系统设置 进入系统设置页面,设置数据归档配置区域。 图2 配置数据归档区域 父主题: 系统设置
将选择的靶点结构原始配体与此处参数选择的原始配体或者上传配体文件结合使用,通过识别原始配体或上传的配体所占空间及相应Padding空间扩展值确定口袋的中心及大小。 选择残基 选择残基方式由用户点选多个平台识别到的残基定义口袋的位置。 自动预测 自动预测通过平台内置的蛋白口袋预测算法为用户提供多个可选择的口袋位置。
单击“下一步”,进入参数设置页面。 选择基模型:支持选择基模型。此参数仅专业版支持。如果选择的基模型是非官方盘古药物大模型,则约束条件不支持官方机器学习属性,只支持以该基模型创建的属性模型作为约束条件。基模型列表见AI建模。 选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考A
类型:参数类型,此参数为必填项。取值范围:Other、 File、Directory。如果类型选择Other时,可以单击值旁边的按钮进行输入。如果选择File或者Directory类型,可以单击值旁边的按钮,选择文件或者文件夹。 值:根据参数类型,填写或者选择相关取值。 必传:参数是否必传,此参数为非必填项。如果开启“必传”,则“值”为必填项。
在上传页面右侧,选择上传受体,上传配体,选择中心配体。 上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体:配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件,且只支持3D结构。 选择参考配体:当前自由能微扰支持自动规划路径,选择参考配体后系统自动计算,用户也可自主添加或删除配体对。 图1
ES不支持输入空格或者中文。 选择基模型:选择基模型,此参数只有专业版支持。基模型列表见AI建模。 选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。属性模型的基模型必须与上一步所选择的基模型一致。 输出小分子表征:
购买CSS资源 登录CSS云搜索服务。 单击“创建集群”。 图1 创建集群 基础配置:选择“计费模式”、“当前区域”。 集群类型选择“Elasticsearch”,输入集群名称。 图2 基础配置 节点规格:参考自己的数据库大小。自定义数据库所需要的的CSS节点规格大于“4 vCPUs
Notebook安装Conda指导 打开Notebook,在“File”页签下选择“Terminal”。 图1 选择Terminal 下载和安装Anaconda。 获取Repository和Anaconda安装包。 Repository: https://repo.anaconda
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
复制数据 复制数据会从别的项目中复制一份数据到当前项目中,这里可选择的源项目需是当前账号为管理员的对应项目。如需设置项目成员,请参考用户指南中的项目成员和权限。 图2 复制数据 引用数据 引用数据可以引用其他项目中或对应的obs桶的数据。引用的数据不能在该项目中进行更改。只能用来运行作业,导入数据到数据库等操作。
在“性能加速”页面,单击“购买性能加速”。 选择“存储存空间大小”、“计费模式”、“购买时长”、“购买数量”。 图11 购买性能加速 存储空间大小:设置存储空间数值。 计费模式:选择“包年包月”或“按需”计费。 购买时长:如果选择的“包年包月”计费,根据实际需求选择购买时长;如果选择的“按需”计费,无需选择购买时长。
计费说明 计费模式 基因平台 基因平台提供包年包月、按需两种计费方式,您可以按需求进行选择,计费详情请参见价格计算器。 盘古辅助制药平台 盘古辅助制药平台提供包年包月、按需两种计费方式,您可以按需求进行选择,计费详情请参见价格计算器。 OBS数据下载 OBS数据下载产生的流量费用为按需