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计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上,则应用调度至该计算节点上;应用和它的作业,不管节点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。 超时时间:作
发布中的应用可以取消,取消后状态为发布失败。 已发布的应用可以订阅和下线。 同一个发布者可以发布同名称,同类型的应用。若版本不同,则合并。用户在使用时,可以选择对应的版本号进行订阅或者下线。若版本相同,则更改版本后发布。 已发布的应用,可以在“资产市场>我的发布”中进行下线。下线后已经订阅的应用不可以使用。
参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
参数说明 参数 简写 是否必选 说明 data-job-id 无 是 数据作业id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 ID 无 是 作业ID(job-id)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
搭建NGS流程 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 archive-id 无 是 归档id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 template-id 无 是 模板id。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
[flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 描述 job-id 无 是 作业ID。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
是 作业ID。 --force -f 否 强制操作,不进行询问提示。默认为false。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
对于“JOB_STATUS”类型的消息,可单击图标,跳转至对应的分析作业详情页面。您可以在该页面查看详细的运行信息。 消息通知按照用户权限进行划分,只可以查看有权限访问的项目中的消息通知。 父主题: 系统设置
”即可。流程中的每个process可以通过配置文件快速的定制并行执行的样本数目,大大节约了生信人员搭建组学分析流程的时间。 医疗智能体(EIHealth)平台集成了Nextflow框架,支持用户直接在医疗智能体(EIHealth)平台安装Nextflow。 父主题: Nextflow
描述,带此参数时会覆盖yaml文件里面的模板描述。 --yaml -y 是 本地模板yaml文件。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0 最大长度:24 memory String 内存申请使用量,取值范围[0.1-3072],单位G,支持一位小数。对于应用,不填默认1G;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用
image-name 无 是 要导入的镜像名称。 tag-name 无 是 要导入的镜像tag名称。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 从源项目lmx-project-02导入镜像到当前项目。 health docker import lmx-p
数据管理简介 EIHealth平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、流程执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“导入数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
rcproject为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
rcproject为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
image-name 无 是 镜像名称。 tag-name 无 是 镜像tag名称。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 health docker pull demo-project/demo-image:v1.0 # 执行成功返回结果如下
-d 否 归档描述。 --delete -l 否 是否删除已归档数据(默认false)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --storage-type -s 否 归档的存储类型,支持STANDARD和COLD。 命令示例 本节以Windows