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<dest-dir> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 src-dir 无 是 源路径,支持四种格式,分别是医疗项目、外部桶、外部并行文件系统或者网络数据下载链接,对应格式分别为ProjectName:/path、OBS:BucketName:/path、OBSFS:ObsfsName:/path、下载url。
project为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。 --sample -s 否 获取流程模板,模板为yaml格式。 --downloadPath -d 否 获取workflow详情时,将内容下载到的指定文件夹路径(文件夹需要存在)。 --project
订阅Docking Summary流程 进入资产市场订阅Docking Summary流程。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
查看对象属性 查看对象属性。 命令格式 health stat <obj> [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 obj 不涉及 是 查看的文件、文件夹对象。 注意: 如果为引用数据,必须要使用绝对路径(文件夹最后要加/)。未引用的数据不能查看。 --bf -b
--createStartTime -c 否 最小创建时间,格式:YYYY-MM-DD HH:MM:SS。例子:"2006-01-02 15:04:05"。此参数用于获取作业列表。 --createEndTime -e 否 最大创建时间,格式:YYYY-MM-DD HH:MM:SS。例子:"2006-01-02
模式表示的时间是UTC时间。 使用“time1-time2”,代表匹配的时间段,其中time1必须小于等于time2,格式为yyyyMMddHHmmss。时间格式支持自动补全,例如yyyyMMdd等价于yyyyMMdd000000,yyyyMM等价于yyyyMM01000000。
登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节,设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面,填写作业信息。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 输出路径:存放输出结果的路径,格式以/开头。例如项目中的outpu
[flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 job-id 不涉及 是 作业ID -- params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径 命令示例 health nextflow retry job f17a3542-3f7c-11eb-868a-fa163e3ddba1
输入参数对应的文件路径(本地路径),该参数与流程中的输入文件路径对应,通过修改input-file,修改输入数据。 选择时,input和input-file二选一。 格式为:{"task0": {"input-1": "datapath"}, "task1": {"inputs": "datapath"}}。
配模式后才会执行该匹配模式。 使用“time1-time2”,代表匹配的时间段,其中time1必须小于等于time2,格式为yyyyMMddHHmmss。时间格式支持自动补全,例如yyyyMMdd等价于yyyyMMdd000000,yyyyMM等价于yyyyMM01000000。
配模式后才会执行该匹配模式。 使用“time1-time2”,代表匹配的时间段,其中time1必须小于等于time2,格式为yyyyMMddHHmmss。时间格式支持自动补全,例如yyyyMMdd等价于yyyyMMdd000000,yyyyMM等价于yyyyMM01000000。
数据库模板:使用资产市场订阅的流程时,模板已预置,无需选择数据库模板。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking Summary”流程时,保存格式为.txt。 相对路径:流程运行完成后,会按照流程子任务的名称生成数据文件,
参数说明 参数 简写 是否必选 描述 --force -f 否 是否强制操作。 --labels -l 否 需要添加或删除的标签列表。json数组格式。如:-l "[\"h1\",\"h2\"]" --node -n 是 计算资源节点id --operation-type -t 是 对计算资源的操作:[add-labels
--add-command -a 否 作业额外执行的命令,如:--param1 hello。 --params -p 否 本地json/yaml格式参数文件路径。 --priority -o 否 作业优先级,支持输入的参数为0-9,默认值为0,0为最低优先级。 命令示例 health nextflow
在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出,对于由多个应用搭建出来的流程,命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系,完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程,创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。 获取流程模板
流程ID,指定后获取流程ID对应的流程详情。不指定时,获取的是流程列表。 --param-file -p 否 参数文件保存路径,以yaml格式保存。如果没指定,则不会显示和保存参数信息。 命令示例 health nextflow get workflow 550e8400-e29
q文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例,介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具,用switch命令进入待操作的项目。 例如,使用health switch project
不带--detail参数,以yaml格式展示作业基本信息。 带--detail参数,以json格式展示作业基本信息。 --detail -d 否 配合ID使用,返回作业的详细信息。 --sample -s 否 获取作业模板,模板为yaml格式。 --limit -l 否 代表当次请求获取的最大查询条数(默认为10)。
并发选项即可,则不会出现本问题场景。 图16 开启并发 若不涉及并发,则优先排查镜像启动命令设置是否合理、是否确实需要复制路径存在包含关系的多个文件或目录。若不存在相关场景,根据实际业务需求,修改镜像启动命令即可。 若确实存在路径需要包含多个文件或目录,可参考如下方案解决。 以下
本示例中NGS流程基于医疗智能体(EIHealth)平台搭建,流程以fastq格式数据作为输入,对碱基的质量信息进行评估,判断可靠程度,通过质控、比对、变异检测等步骤,最终输出包含样本SNP、INDEL的VCF文件。 该案例介绍NGS的搭建步骤,涵盖镜像、应用、流程制作方法。用户也可以使用“资产市场”提供的已经搭建好的“Variant