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nf。若不填写，默认为main.nf。 支持上传的文件格式为nf、 zip，大小不能超过10M。zip包文件个数规格为1024个，单个文件解压后限制，不超过10M。 如果上传的流程中包含镜像，单击镜像管理跳转至本项目的镜像管理列表，进行镜像上传，具体可参考导入或上传镜像。 图1 添加流程文件 添加完成后，单击“下一步”，配置流程参数。
cd . 切换到上一级路径。 health cd .. 切换到指定的路径，如切换到src1。 health cd /src1 回到本项目根路径。 health cd / 回到本项目下DataSet路径。 health cd gene-assent:/DataSet/ 切换到引用数据
聚类分析 聚类分析工具可以通过骨架聚类方法，将大型小分子数据库中结构相似的化合物聚成一类，从而找到有效骨架 ，辅助苗头化合物发现。 单击“功能模块 > 通用工具 > 聚类分析”功能卡片，进入配置页面。 图1 聚类分析配置页面 输入方式：选择文件和手动输入类型。 上传分子文件：选择
发布应用 您可以将创建的应用发布到资产市场，供其他项目订阅和使用。 发布资产前，需要先设置商标。详细可参考商标设置。 在“工具”页面选择“应用”。 选择需要发布的应用，单击“操作”列“更多”>“发布”。 在发布页面，填写发布应用的相关信息。 表1 发布应用参数说明 参数 说明 名称
--description -d 否 应用的详细描述。 --commands -c 否 镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例。 --image -i 否 镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址。 --labels -l 否 标签，多个标签使用;符号分隔开。 --nodeLabels
医疗智能体EIHealth平台迭代更新 资产市场，提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。 提供了数据库的创建、查询和管理能力。 支持药物虚拟筛选能力。 命令行工具迭代更新。 开放镜像管理类API。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2021年3月 序号 功能名称 功能描述 阶段
发布流程 您可以将创建的流程发布到资产市场，供其他项目订阅和使用。 发布资产前，需要先设置商标。详细可参考商标设置。 在“工具”页面选择“流程”。 选择需要发布的流程，单击“操作”列“更多”>“发布”。 在发布页面，填写发布流程的相关信息。 表1 发布流程参数说明 参数 说明 名称
单击“上传流程”，在弹出的页面中下载yaml示例文件。 使用命令行工具，执行health get workflow -s命令获取创建流程的yaml模板，复制模板并保存到本地。可以保存成.yaml或.txt文件，保存为txt文件时，其内容需为yaml格式。 修改流程yaml模板。 在本地编写模板，模板
切换项目 使用switch命令切换到指定的项目中。 使用该命令前，您需要先创建项目，再使用switch命令进入该项目。 命令结构 health switch project <project-name> 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 project-name 无 是
配置命令行工具 步骤1：获取认证信息 步骤2：获取命令行工具 步骤3：初始化配置
容器镜像服务（SWR） 容器镜像服务（Software Repository for Container，简称SWR）是一种支持镜像全生命周期管理的服务，提供简单易用、安全可靠的镜像管理功能，帮助您快速部署容器化服务。 医疗智能体使用SWR存储工具镜像，包括内置工具及自定义工具的存储。
准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理 数据管理常用操作 命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业 1. 制作镜像 2. 创建应用 3. 搭建流程 4. 执行分析作业 常见问题
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据，需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求，将数据上传至项目中。 输入蛋白质，pdb格式，将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子，配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串，第二列为smiles名称，中间用tab键分割。
受体预处理（Fasta格式） 功能介绍 受体预处理（Fasta格式），用于前端计算预期扣费次数 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/fasta-preprocess
进入资产市场，分别订阅fasp，bwa-mem，bamqc，picard-insertsize应用。 图1 订阅应用 可以在“工具 > 应用”列表可以看到刚刚订阅的应用。 图2 查看订阅的应用 步骤2：新建流程 在“工具 > 流程”页面，单击“新建流程”按钮，填写流程名称，版本等信息。 图3 新建流程 利用拖拽的
需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作，只需聚焦于科研工作，从而加快科研进展。 镜像 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的标准格式，在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境，里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。
用名称”是选填项，可以使用原有名称，或自定义。 图2 导入应用 单击“确定”，导入应用，导入过程中可以查看每个应用的导入状态。 父主题： 工具管理
”。 图1 编辑应用 在编辑应用页面，可以修改相关的参数。相关参数描述可参考新建应用。 如果更改了版本号，相当于新建一个应用。 父主题： 工具管理
速技术，实现算法工具的数倍加速，加速生物医疗大数据的分析。 平台由项目管理、数据管理、作业、工具、开发环境、镜像等核心部件组成，各个部件沉淀了丰富的技术细节和人性化的设计。 初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。
流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器，您可以拖拽工具到画布中，可视化链接各应用，指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。 图1 流程设计器界面 表1 界面说明 区域 说明 工具栏 上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。
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