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导入文件列表,多个文件用分号(;)分隔,导入数据到数据库时此参数必填。 --current-project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
网络下载链接对应的md5列表,值用; 分隔,和网络数据链接一一对应。值用于下载完后对文件进行md5校验。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512 params SynthesisParamDto object 合成路径规划作业配置。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 name String 作业的名称,取值范围:[1,
请检查是否改变了该应用输入和输出参数的数量和类型,或者删除所有使用到该应用的流程。 400 eihealth.01050013 The app is used by workflow {0} and cannot be deleted. 请删除所有使用该应用的流程后再删除该应用。 400
式。 图2 输入分子 单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,如果需要设置靶点,并且将对接结合能作为一个约束条件进行优化,需要进行配置。最多可添加2个靶点。在添加靶点后,会进行单分子预对接,可查看Top1的对接打分与构象。 如果不需要设置靶点,此步骤可以进行省略,如果设置了靶点,作业运行时间会加长。
示想要查看数据的列名,多个列名用分号隔开(;),只有在--data参数使用时才生效。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
Mapping and Sort and index 将质控之后得到的Clean Reads比对到参考基因组上。 bwa-mem:0.7.17 该镜像由bwa和samtool合并而成,镜像制作方法请参见制作bwa-mem镜像。 Insert Size Estimation 针对构建In
受体文件。 ligand TargetOptLigand object 配体文件。 md_params MdParam object MD参数配置。 表4 DrugJobDto 参数 参数类型 描述 id String 作业id。 name String 作业的名称,取值范围:[1,
有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像
有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像,可以使程序在不同的环境中运行,并通过EIHealth平台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像
ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称,取值范围:[5
13GB。 NGS大数据集 NA24385-raw数据集为NGS流程测试数据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约 186.2GB。 NGS小数据集 NA12878-small数据集为NGS流程测试数据集,作为该流程的原始输入。数据集总大小约 216MB。 docking summary测试数据
单击结合能数值,可查看详细对接结果。 第1部分描述了蛋白质与配体小分子的结合能大小,以及该蛋白质在所有配体小分子的对接结果的均值和标准差。 第2部分描述了配体小分子信息,注释结果如下。 分类:该小分子的在DrugBank中分类信息。 化学式:小分子的化学式。 XLOGP3:小分子的脂溶性logP。
数据上传成功后,单击“确定”。 上传文件大小不能超过1GB。最多不能超过20个文件。 复制数据 将其他项目或本项目的数据,复制到本项目中,并可在本项目中操作该数据。 单击数据中心右上角“复制”。 选择需要复制的项目数据,选择导入数据的路径。 您可以选中多个文件夹进行批量复制。 复制数据时可单击图标创建文件夹。
在添加数据页面,选择“上传”,上传待分析数据。 数据上传成功后,单击“确定”。 上传文件大小不能超过1GB。 复制数据 将其他项目的数据,复制到本项目中,并可在本项目中操作该数据。 单击“添加数据”,类型选择“复制”。 选择需要复制的项目数据,选择导入数据的路径。 您可以选中多个文件夹进行批量复制。 复制数据时可单击图标创建文件夹。
EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook的详细操作指导,请参见Jupyter Notebook使用文档。
标记镜像 使用health docker tag命令给待上传的镜像打标签。 执行镜像相关命令,请在本地搭建Docker环境,要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 默认标记到当前所在项目,需先使用切换项目命令进入想要上传镜像的项目。 命令结构 health docker
文件中是否还有更多配体没有处理;即当前数量是否表示整个文件的配体数量,若该值为false则表该配体文件含有count数量个配体;若该值为true则表示该配体文件含有大于count数量个配体(即count不完全统计);例如:count=100且has_more=true,则前端可显示该配体文件含有"100+个"小分子。
流程详情、版本、创建者、修改和创建时间,可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、编辑修改流程、删除操作和基于该流程创建分析作业。 图2 流程列表 父主题: 工具管理
靶点配对情况的计算评估,让研究人员可以同时从21个蛋白的角度,综合、无偏地评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。同时,该研究成果以封面杂志发表在化学信息学领域国际顶级期刊《Journal of Chemical Information and Modeling