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使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
使用Docking Summary流程 分子对接(molecular docking )是分子模拟的重要方法之一,其本质是两个或多个分子之间的识别过程,其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。 在药物分子产生药效反应的过程中,药
创建自动作业 针对存在需要批量创建分析作业的场景,您可以选择创建自动作业。 在“自动作业”页签,您可以查看已创建的自动作业,包含作业名称、状态、数据表、创建者、创建时间;在操作列,您可以对已创建的自动作业执行启动、编辑、删除操作,运行中的作业可以执行停止操作。 图1 自动作业 前提条件
执行分析作业 创建分析作业 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击NGS流程行的“启动作业”。 请参考配置输入和依赖数据章节,设置NGS流程数输入数据。 在新建作业页面,填写作业信息。 基本信息:包含作业名称、标签、描述。 输出路径:存放输出结果的路径,格
使用Variant Calling Based On NGS流程 二代基因组测序即Next Generation Sequencing (NGS)是一种基于边合成边测序的方式。NGS在保持了测序高准确度的同时,大幅的提高了测序速度。目前NGS已经普遍的应用于全基因组测序、全外显子测序、转录组测序表观遗传学等领域。
获取扩容策略详情 功能介绍 获取扩容策略详情 URI GET /v1/{project_id}/system/autoscaler/scale-out-policies/{id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
应用场景 基因组分析 提供从基因组数据管理、生物信息分析流程到科研分析管理整个流程的服务,快速实现基因组数据分析及AI建模,提供高性能、高可靠性、高性价比的基因测序计算、存储、分析和AI能力支持,让科研过程标准化、可执行。 基因组测序是新型冠状病毒疑似病例确诊的病原学证据之一,基
数据库简介 EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板
新建应用 详细的创建应用过程、镜像填写方法、参数填写方法,请参考创建应用样例章节。 单击“新建应用”,进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息,包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。
查询扩容策略列表 功能介绍 查询扩容策略列表 URI GET /v1/{project_id}/system/autoscaler/scale-out-policies 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
修改扩容策略 功能介绍 修改扩容策略 URI PUT /v1/{project_id}/system/autoscaler/scale-out-policies/{id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
配置命令行工具 医疗智能体平台命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 操作步骤 下载命令行工具。 安装命令行工具。
获取系统资源 使用get命令获取购买的计算资源、性能加速资源、数据库资源、存储资源列表。 命令结构 health get resource [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --type -t 是 名称,支持computing、performance、d
创建扩容策略 功能介绍 创建扩容策略 URI POST /v1/{project_id}/system/autoscaler/scale-out-policies 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
查看药筛结果 药筛运行状态可在“专题”页面查看。 图1 查看运行状态 运行完成后可单击任务名称,查看对接结合能的热图。 热图的横坐标为蛋白质名称,以及对接结合能的均值和标准差。纵坐标为配体小分子名称,数值为结合能的大小,结合能越小,颜色越偏紫色。 可以根据结合能的大小进行排序,结合能越小代表配体和受体结合越稳定。
获取项目ID 从控制台获取项目ID 在调用接口的时候,部分URL中需要填入项目编号,所以需要获取到项目编号。项目编号获取步骤如下: 登录管理控制台。 单击用户名,在下拉列表中单击“我的凭证”。 在“API凭证”页面的项目列表中查看项目ID。 图1 查看项目ID 调用API获取项目ID
步骤3:初始化配置 在使用命令行工具前,需要初始化配置信息,通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程,Linux和macOS环境配置过程相同。 命令结构 执行health config add命令进行初始化配置。 health
获取策略伸缩历史 功能介绍 获取策略伸缩历史 URI GET /v1/{project_id}/system/autoscaler/scale-out-policies/{id}/histories 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String
下载数据 使用download命令将EIHealth平台的数据下载到本地,此命令不支持下载引用项目中的数据。 数据在下载的过程中,受网络影响可能出现损坏,下载命令默认会在下载完成后,验证项目中数据的MD5值与本地数据的MD5值的一致性,以及验证项目中数据的大小与本地数据大小一致性。
启动自动作业 功能介绍 启动自动作业 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs/{auto_job_id}/start 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id