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导入或上传镜像 镜像导入 镜像按照项目进行划分和管理,隶属于不同项目的镜像可以使用“镜像导入”,导入到本项目中,进行使用。 使用“镜像导入”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击项目名称,进入所选项目,并选择“镜像”,进入镜像管理页面。 单击“镜像导
在盘古辅助制药平台单击右上角“账号名>资源中心”进入CSS资源界面。 单击“绑定”进入绑定界面,选择要绑定的CSS集群名称、填写管理员账户名和管理员密码。 单击“测试链接”验证用户名或密码无误后单击“确定”,即可完成绑定(可选项)。您也可以单击操作列的“解除绑定”来解除当前的绑定。 图1 绑定CSS资源入口 图2
盘古辅助制药平台支持用户自定义数据库,可以上传自己的数据构建自己的数据库,进行后续的分子搜索。构建自定义数据库需要先购买CSS资源和绑定CSS资源,详情见资源中心 自定义数据库 返回主页,单击“自定义数据库”进入界面,单击页面左上角的“创建数据库”,并填写相关信息。每个用户可新建100个自定义数据库。
单击页面右侧按钮,在Network页签的“Name”列单击“notebooks?offset=0&limit=10”,右侧展开代码行,在“url”行获取url链接,如下图所示。 图1 获取url 父主题: 开发环境(Notebook)
台系统管理员在自己的所有者、管理员、操作者项目可以解除引用OBS类型数据。其他角色的用户仅能使用引用进来的OBS类型数据。 使用URL导入数据 使用URL方式将公网http/https/ftp链接的数据或者OBS中的数据导入。 单击数据中心右上角“URL导入”。 单击“添加URL”,填写URL地址。
台用户,才能将该用户添加至项目中。 创建用户的详细方法请参见创建平台用户。 已创建一个项目。 操作步骤 单击“操作”列“分享”。 图2 分享项目 输入已添加至平台的用户名称。 图3 输入用户名全称 单击“添加”,设置用户角色。详细成员角色介绍请参见表1。 图4 设置成员角色 单击“确认”,分享项目。
分析作业管理简介 分析作业依托于流程运行,需要您先创建流程,再基于流程创建分析作业。 在“项目管理”页面“作业”页签中,以列表形式展示了项目中运行的分析作业和运行状态。您可以查看分析作业名称、标签、所使用的流程名称、版本、运行状态、创建者、创建时间、完成时间和总耗时。并可对作业执
引用数据库 引用数据库 平台支持引用其他项目的数据库,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 引用的数据库为只读状态。引用的数据库不支持导入数据。 图1 引用数据库 父主题: 数据库管理
软硬件安装调试成本,开箱即用,随时可用。全平台包括盘古辅助制药赋能药物研发的全链条任务,将新药研发从“马拉松”迈向“加速跑”。 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
管理数据库 管理数据库 数据库创建完成后,您可以对数据库内的数据执行编辑、删除、新增行操作。预制数据库和引用数据库不支持编辑、删除、新增行操作。 编辑 数据库创建完成后,单击数据库名称进入数据库详情页,在页面左上角单击“编辑”按钮。 在需要修改的数据行的操作列单击“编辑”,修改数据。
以下操作步骤是在“数据”页面下载数据至本地。您也可以使用命令行工具实现数据的下载。 展开数据文件夹,选择待下载的数据。 单击“操作”列“下载”。 单击鼠标右键,选择“链接另存为”,下载数据。 图6 下载数据 禁止/允许删除数据 您可以对某个数据设置禁止删除。设置禁止删除后,该目录只能添加数据,不支持删除数据
bash Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh 在第一个暂停中按“Enter”继续。 在第二个暂停中,将显示用户许可协议,按“Enter”阅读更多信息。 阅读完成后,输入“yes”,然后按“Enter”。 选择安装位置,按“Enter”。 安装完成后,输入“yes”。
查看执行结果 作业运行完成后,可以在“作业中心”页面,单击作业名称,查看输出结果和作业信息。 输出结果 当作业执行成功后,可以在作业中心页面,单击作业名称,查看输出结果。 在输出结果中可以查看下载某个任务或者全部任务的信息,可以在操作列查看3D、合成路径等信息。 图1 输出结果-列表视图
数据管理简介 EIHealth平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、流程执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“导入数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
数据的上传和下载 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
在“数据中心”页面,下载数据至本地。 选择待下载的数据,单击“操作”列“下载”即可。 或者单击“操作”列“下载为”,然后单击鼠标右键,选择“链接另存为”,下载数据。 图3 下载数据 删除数据 以下操作步骤是在“数据中心”页面删除数据。 删除数据 单击“操作”列的“删除”,删除数据。
创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。
作业管理简介 在作业中心页面,可以创建分子对接、分子优化、自由能微扰、合成路径规划功能的作业。 在“作业中心”页面,以列表形式展示了项目中作业的运行状态。您可以查看作业的名称、创建时间、运行状态、总时长、运行时长、已运行时间、预计还需时间。对于列表中的作业,支持通过作业名称、状态
参数类型 描述 id String 用户id 请求示例 导入用户,用户id为18c10a09-65d5-4fe8-8337-4ce5570b8a4b,角色为ADMIN,作业配额为10,作业超时时长为1天,CPU的核数配额为50,内存的配额为128GB,用户可创建的项目数为2 https://eihealth
MOL Editor Mol Editor工具可以查看小分子的2D结构,以及编辑分子结构。 单击“功能模块 > 通用工具 > MOL Editor”,进入Mol Editor页面即可操作。可以通过单击右上角的“保存”,将编辑的分子结构保存在数据中心。 图1 保存分子结构 父主题: