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作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num
create_time String 模型创建时间。 finish_time String 模型结束时间。 creator String 创建模型的用户名称。 status String 作业状态。 shareable Boolean 是否打开组织共享。 data_quantity Integer
作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num
功能模块 靶点发现 苗头化合物发现 先导化合物优化 通用工具 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
数据管理 数据管理简介 添加数据 发布数据 数据管理常用操作 归档数据 数据控制与数据审计 命令行工具概述 父主题: 用户指南(基因平台)
基于二代测序的基因组突变检测 NGS流程简介 配置命令行工具 上传数据 制作并上传镜像 创建应用 搭建NGS流程 执行分析作业 批量执行NGS分析
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
用户指南(基因平台) 欢迎使用医疗智能体服务 关键概念 准备工作 用户管理 配额管理 系统设置 项目管理 数据管理 数据库管理 镜像管理 工具管理 作业管理 Nextflow 资产市场 开发环境(Notebook) 大规模药物虚拟筛选
失败提示,当作业执行失败时会返回 failed_reason String 失败原因,当作业执行失败时会返回 user_name String 创建任务的用户名称 tool_info ToolInfoDto object 作业依赖的组件信息 io_acc_id String 作业使用的IO加速实例id,不填表示不使用;
获取项目ID、项目、账号信息 项目ID、项目名称、账号名(domain name)、账号id(domain id)可登录控制台“我的凭证”页面获取。 父主题: 认证信息
入门实践 表1 常用最佳实践 实践 描述 基于二代测序的基因组突变检测 本最佳实践提供了通过命令行工具上传数据、上传镜像后,在医疗智能体平台搭建NGS流程,执行分析作业及批量执行NGS分析。 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 本最佳实践介绍如何使用EIhealth平台
数据管理命令 列举对象 显示当前目录 切换路径 文件拷贝 创建子目录 上传数据 清理本地记录的上传文件 下载数据 删除数据 数据导入 创建归档 获取归档数据 删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步
作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num
引用数据库或者导入数据到指定数据库 使用import命令引用数据库实例到当前所在项目或者导入数据到指定数据库。 命令结构 health import database instance <instance-id> [flags] 或者 health import db instance
输入分子 单击“下一步”,进入靶点设置,此步骤为可选步骤,如果需要设置靶点,并且将对接结合能作为一个约束条件进行优化,需要进行配置。最多可添加2个靶点。在添加靶点后,会进行单分子预对接,可查看Top1的对接打分与构象。 如果不需要设置靶点,此步骤可以进行省略,如果设置了靶点,作业运行时间会加长。
作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num
作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num
create_time String 创建应用时间 update_time String 更新应用时间 user_name String 创建应用的用户名 source_project_name String 源项目名称 source_resource_id String 源资源id node_labels
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
作业开始时间。 failed_message String 失败提示,当作业执行失败时会返回。 user_name String 创建任务的用户名称。 output_dir String 作业结果输出目录。 expect_charge_num Double 预估功能调用消耗次数。 real_charge_num