workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 可选: 流程的ID(workflow-id),使用命令行工具创建流程时生成。示例请参见创建流程命令示例。 流程的名称、版本、所在项目名称(workflow-name:version:srcproje
update app ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 是 可选: 应用的ID(app-id),使用命令行工具创建应用时生成。示例请参见创建应用命令示例。 应用的名称、版本、所在项目名称(app-name:version:srcproject),s
run the notebook again!”时,请单击Notebook工具栏中的按钮,重启Notebook环境,并重新执行出现告警的代码。 您可以在Notebook工作目录中上传数据,使用AutoGenome工具。数据上传下载请参见数据的上传和下载。 对于非挂载目录以外的目录下的文
其中vendor-config可简写为vc 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 --name -n 否 供应商名称。 --logo -l 是 供应商图标本地路径。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。
测试模式运行,不执行实际的复制操作。 --crr -c 否 复制时使用客户端跨区域复制模式,以通过数据流的方式从源桶直接复制数据到目标桶,且两个桶可以是任意两个OBS服务的桶。 若设置了该参数,必须确保更新了配置文件中客户端跨区域复制的相关配置信息,具体可参考更新配置文件。复制时源桶对应
在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出,对于由多个应用搭建出来的流程,命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系,完成应用的连接。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建流程,创建好的流程将同步显示到EIHealth平台。 获取流程模板
什么是医疗智能体eihealth-toolkit 医疗智能体命令行工具(eihealth-toolkit)是配套EIHealth平台,为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具,可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。
--help可以替换成任何fastqc的命令,与linux类似。 步骤2:上传镜像至EIHealth平台 配置命令行工具。 若已完成配置,可跳过此步骤。 在命令行工具所在的目录,使用switch命令进入EIHelath平台的项目中。 # 命令结构 health switch project
库中筛选出与病毒结合最紧密的候选药物,从而快速为药物研究和临床试验提供方向。 药物筛选通常分为靶点蛋白确定、候选药物小分子筛选、试验验证、临床验证四大阶段。 计算机辅助技术可以极快地加速前两个阶段,利用同源建模和分子动力学模拟,从病毒蛋白一级序列快速获得病毒蛋白3D结构,并且依托
订阅Docking Summary流程 进入资产市场订阅Docking Summary流程。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据中心”页面下载数据至本地。 在“数据中心”页面,下载数据至本地。 选择待下载的数据,单击“操作”列“下载”即可。 或者单击“操作”列“下载为”,然后单击鼠标右键,选择“链接另存为”,下载数据。
为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以联系技术支持工程师申请扩大配额。 怎么查看我的配额 在平台右上角用户名中选择“配额管理”,查看配额。 图1 配额管理 父主题: 用户指南(基因平台)
Notebook提供了在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码,在创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像。同时,您也可以使用自定义镜像,创建Notebook,满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Notebook(在基础镜像中安装化学分子格式转换工具Open Babel),详细步骤如下所示:
使用delete命令删除项目。项目的所有者有权限执行该操作。 为了防止项目误删,执行项目删除命令后工具会提示用户进行二次确认输入要删除的项目,只有二次输入的项目名称和命令中的项目名称一致,命令行工具才会执行删除动作。 命令结构 health delete project <project-name>
获取作业事件或者作业某一task事件,单独使用表示获取作业事件;与--task一起使用表示获取某一个task事件,并同时输出task实例列表。 --log -g 否 本地存放task日志的路径,必须与--task一起使用以获取作业某一task的日志。 --task -a 否 task名称。如果是并发的tas
定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化 用户管理 1. 创建子用户 2. 添加项目成员和权限 数据管理 数据管理常用操作 命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业 1. 制作镜像 2. 创建应用 3. 搭建流程 4
繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶
下载数据 下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据”页面下载数据至本地。您也可以使用命令行工具实现数据的下载。 展开数据文件夹,选择待下载的数据。 单击“操作”列“下载”。 单击鼠标右键,选择“链接另存为”,下载数据。 图6
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