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如何将生物信息学软件封装为镜像并上传？ - 医疗智能体 EIHealth
如何将生物信息学软件封装为镜像并上传？ 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检控工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成
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镜像管理简介 - 医疗智能体 EIHealth
镜像管理简介 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台
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关键概念 - 医疗智能体 EIHealth
关键概念 镜像 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平
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如何搭建Docker环境？ - 医疗智能体 EIHealth
快照方式制作镜像（偶尔制作的镜像）：在基础镜像上，比如Ubuntu，先登录镜像系统并安装Docker软件，然后整体制作快照，即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：将软件安装的流程写成DockerFile，使用Docker build构建成Docker镜像。
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方式3：自定义镜像运行FastQC流程 - 医疗智能体 EIHealth
本示例中制作FastQC镜像，并基于镜像创建应用，运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。 将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，
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制作Docker镜像 - 医疗智能体 EIHealth
快照方式制作镜像（偶尔制作的镜像）：在基础镜像上，比如Ubuntu，先登录镜像系统并安装Docker软件，然后整体制作快照，即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：将软件安装的流程写成DockerFile，使用Docker build构建成Docker镜像。
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应用的参数和镜像启动命令如何设置？ - 医疗智能体 EIHealth
创建应用时，需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如，设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时，首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照FastQC的调用命令设置参数和镜像启动命令。 图1 FastQC命令
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应用配置文件说明 - 医疗智能体 EIHealth
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台，创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
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创建FastQC应用样例 - 医疗智能体 EIHealth
FastQC是一款高通量序列数据的质量检控工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用FastQC应用，或将其编排至流程，和其他应用一起使用。 创建FastQC应用时，需要您熟悉该软件的使用，并具备一定的开发经验。FastQC的详细介
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工具管理简介 - 医疗智能体 EIHealth
工具管理简介 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像，并将镜像上传至EIHealth平台，通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用，也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”
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Notebook简介 - 医疗智能体 EIHealth
EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook，可为您提供在线的开发和调试工具，用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作，只需聚焦于科研工作，从而加快科研进展。 关于Jupyter Notebook的详细操作指导，请参见Jupyter
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获取镜像 - 医疗智能体 EIHealth
Hub获取bwa软件（用于将基因序列比对到参考基因组上）。 以下类型镜像，建议您通过Docker Hub获取，不建议自己制作。 基础操作系统类镜像，如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像，如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像，如Tomcat、Mysql、Ngnix等。
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步骤2：下载并安装命令行工具eihealth-toolkit - 医疗智能体 EIHealth
目、数据等资产。这些信息的处理将遵循您已接收的《华为云用户协议》及《隐私政策声明》约束。 下载地址中带有sha256后缀的链接，指的是对应软件包的校验文件。例如：Windows x64版本的下载链接是health-windows-x86_64 ，它的校验文件下载链接则是health-windows-x86_64
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步骤2：获取命令行工具 - 医疗智能体 EIHealth
目、数据等资产。这些信息的处理将遵循您已接收的《华为云用户协议》及《隐私政策声明》约束。 下载地址中带有sha256后缀的链接，指的是对应软件包的校验文件。例如：Windows x64版本的下载链接是health-windows-x86_64 ，它的校验文件下载链接则是health-windows-x86_64
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方式2：使用预置应用搭建NGS流程 - 医疗智能体 EIHealth
并运行作业。以二代基因组分析流程：fastp，bwa-mem，bamqc，picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装，将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用，不用担心复杂的开发环境问题。 流程是由1各或者N个应用串联构建而成，平
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基本概念 - 医疗智能体 EIHealth
基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装，应用既可以独立使用，也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用，创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成，流程中的各个应
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直接挂载OBS目录进行大规模计算，如何解决偶现报错 - 医疗智能体 EIHealth
Turbo加速，在投递作业时可以选择“IO加速”。 降低通量运行，进而降低带宽、IO需求，使得带宽、IO满足生产需求。 优化软件算法，如使用内存做缓存等，降低软件的IO需求。 针对特定的项目，对带宽或IO性能进行扩容。 提交工单或联系服务技术支持。 父主题： 流程、作业
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镜像 - 医疗智能体 EIHealth
镜像 如何搭建Docker环境？ 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传？
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新建应用 - 医疗智能体 EIHealth
选择CPU、GPU类型和大小，选择内存大小，内存单位为GB。 CPU架构依赖于制作镜像过程中选择的系统类型，以及制作镜像时所需的生物信息学软件支持在X86还是ARM上运行。例如，GATK是基于X86指令集开发的生信软件，使用CentOS的X86系统创建GATK镜像，则在创建应用时选择“X86”。 CPU需求：请按实际需求填写，取值范围为“0
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Notebook安装Conda指导 - 医疗智能体 EIHealth
"conda_py37" 使用新生成的Notebook kernel。 在Files页面，选择新建的Notebook kernel。 安装新软件包。 查看pandas是否安装。如下表示 pandas未安装。 返回Terminal，切换到相应的环境“py37”，然后安装pandas。
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