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作业名称”,进入作业在输出结果页面查看。 图1 查看分子对接结果 在输出结果右侧的配体展示列表中,可以单击需要收藏的配体卡片右上方的进行收藏(在3D视图下),收藏配体列表前两位的配体。 单击页面右上角的“只看收藏”,页面筛选出收藏的配体。如果查看全部配体,单击页面右上角的“查看全部”,出现全部配体。
每个小分子支持“查看详情”可以进入小分子的属性详情页;支持“下游分析”,可以进行分子属性预测、分子搜索、分子优化、合成路径规划分析。支持收藏功能,单击按钮,即可收藏CPI预测结果,收藏后可直接在收藏夹页查看。 图5 查看结果(2) 图6 查看结果(3) 查看作业信息页面。 从作
申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》 配额管理”章节。
运行大规模虚拟药筛任务 药物数据输入格式说明 订阅Docking Summary流程 新建研究 查看药筛结果 查看药筛作业和结果下载
标签:设置任务标签。 单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。 运行完成后,可在作业中心单击该作业查看输出结果。 单击按钮,可以收藏分子搜索结果,收藏后的结果可直接在收藏夹页查看。 图2 作业中心 图3 输出结果(1) 图4 输出结果(2) 图5 查看分子详情 图6 分子下游分析 图7
单击“提交”。可在作业中心查看该作业的运行情况。 运行完成后,可在作业中心单击该作业查看输出结果,输出结果缩略图。 图2 查看运行结果(1) 单击查看路径,查看输出结果详情。 可以单击左上角“下载”,下载当前的输出结果。 下载操作将会产生流量费用,具体可参考计费说明。 图3 查看运行结果(2)
添加分类标签 为了方便分类查看创建的应用和流程,您可以使用分类标签功能,筛选呈现带有相同标签的应用或流程。 在“工具”页面左侧,单击图标新建分类标签。 在添加分类标签弹窗中,输入“名称”,勾选需要呈现的标签名称。最多可以勾选5个标签。 图1 添加分类标签 勾选完成后单击“确定”。
线,能够自动的完成输入数据的比对排序,以及拷贝数分布计算,并输出可视化图表以供查看。 我的发布 在“资产市场>我的发布”中可以查看该用户所有发布资产的情况。对于发布成功的资产,可以在“组织共享”中查看和订阅。 对于发布成功的资产,可以进行下线操作,下线后已经订阅的资产将不可使用。
MOL 3D Viewer Mol 3D Viewer工具支持查看蛋白质和小分子的3D结构。单击“功能模块 > 通用工具 > MOL 3D Viewer”,进入MOL 3D Viewer页面即可操作。 主要功能包括: 本地分子结构的3D可视化,支持多种显示样式,支持本地文件拖拽进画布区域进行渲染。
JupyterLab是一个交互式的开发环境,是Jupyter Notebook的下一代产品,可以使用它编写Notebook、操作终端、编辑MarkDown文本、打开交互模式、查看csv文件及图片等功能。 可以说,JupyterLab是开发者们下一阶段更主流的开发环境。JupyterLab支持更加灵活和更加强大的项目操作方式,但具有和Jupyter
管理作业 在“作业中心”页签,您可以查看已创建的作业。在操作列,您可以对已创建的作业执行克隆、删除操作。支持对等待中的作业进行取消操作,取消后作业不计费,运行中的作业不能取消。 删除单个作业 选择需要删除的作业,单击“操作”列“删除”即可。 图1 删除单个作业 批量删除作业 一次
冻结:冻结项目。一个项目可能由于某些原因暂时中止,此时可以将项目暂时冻结,待下次重新启动时再激活。处于“冻结”状态的项目,用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况,当前正在运行的分析作业会继续执行直到完成。冻结的项目可以通过“解冻”操作重新激活。 解冻:解冻项目。
分析作业依托于流程运行,需要您先创建流程,再基于流程创建分析作业。 在“项目管理”页面“作业”页签中,以列表形式展示了项目中运行的分析作业和运行状态。您可以查看分析作业名称、标签、所使用的流程名称、版本、运行状态、创建者、创建时间、完成时间和总耗时。并可对作业执行重试、取消、删除、克隆、导出操作。
分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。
在作业中心页面,可以创建分子对接、分子优化、自由能微扰、合成路径规划功能的作业。 在“作业中心”页面,以列表形式展示了项目中作业的运行状态。您可以查看作业的名称、创建时间、运行状态、总时长、运行时长、已运行时间、预计还需时间。对于列表中的作业,支持通过作业名称、状态、类型、标签、创建时间
在作业页面添加好运行参数,添加方式与方式1相同。 配置好参数后,单击右上角“启动作业”按钮启动作业,同时会跳转回作业列表。 图7 作业列表 步骤4:查看作业运行状态、获取作业结果 查看方法与方式1相同。 父主题: 运行作业
作业管理 作业管理简介 创建作业 管理作业 查看执行结果 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
参数确认无误后,单击页面上方“启动作业”按钮,可以直接基于该流程创建自动分析作业。 查看作业运行结果 自动作业运行完成后,在自动作业列表中单击数据表名称,跳转至对应的数据表中。在设置的状态更新列中,单击执行结果跳转至对应的分析作业,查看作业运行结果详情。 图7 查看作业运行结果 父主题: 作业管理
Summary流程 进入资产市场订阅Docking Summary流程。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
作业管理 分析作业管理简介 创建分析作业 创建自动作业 查看执行结果 作业执行失败排查思路 父主题: 用户指南(基因平台)