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自定义镜像创建Notebook样例 Notebook提供了在线的开发和调试工具，用于编写和调测模型训练代码，在创建Notebook时，平台为您提供了系统镜像。同时，您也可以使用自定义镜像，创建Notebook，满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Notebook（在基础镜像中安装化学分子格式转换工具Open
下载数据 删除数据 查看3D 执行数据管理类操作需要项目成员具备相应的权限，详细的权限介绍请参见项目成员和权限。 数据文件的名称，不可以含有特殊字符。如果文件名包含特殊字符，将不支持下载，可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据复制、数据删除等操作均为系统的异步任务，您
Container，简称SWR）进行简单易用、安全可靠的镜像管理。单击项目名称，进入所选项目，在“镜像”页签中，以列表形式展示了项目中的镜像。您可查看镜像的详细信息，执行镜像分类、添加描述、删除和查询操作。 图1 镜像管理 镜像用途 用于创建分析应用 应用是生物信息学软件的镜像封装。例如，您可将Cell Rang
制作Docker镜像 制作Docker镜像，有以下两种方法。 快照方式制作镜像（偶尔制作的镜像）：在基础镜像上，比如Ubuntu，先登录镜像系统并安装Docker软件，然后整体制作快照，即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：将软件
如何搭建Docker环境？ 制作Docker镜像，有以下两种方法。 快照方式制作镜像（偶尔制作的镜像）：在基础镜像上，比如Ubuntu，先登录镜像系统并安装Docker软件，然后整体制作快照，即可得到所需软件的Docker镜像。 Dockerfile方式制作镜像（经常更新的镜像）：将软件
设置靶点优化MD配置页面 查看靶点优化结果 单击作业名称，进入作业结果页面，拟时结果根据构象RMSD聚类。 单击“查看轨迹”，下载运动轨迹。 单击“下游分析”，将聚类之后的不同构象进行分子对接。 单击每一个Model的按钮，查看构象。 图3 靶点优化结果页面 图4 靶点优化结果查看轨迹 查看靶点优化作业详情
件所依赖的运行环境的镜像封装，应用可以独立使用，也可以将多个应用编排入流程串联使用。 您可以在项目的应用列表中，查看隶属于该项目的应用，也可以通过搜索应用名称快速查找所需应用。应用列表展示了应用的名称、版本、创建者、修改时间、创建时间和可执行的操作。 详细的应用创建和使用请参见工具管理。
id）启动作业时，必选。 --io-acc-id -c 否 IO加速实例id，为空则不开启IO加速，设置相应加速包id将会开启加速。实例id可参考“系统设置命令>获取系统资源”章节获取。当id设置为：auto_schedule，则会自动调度加速包，当id设置为local_disk，则开启本地盘加速。
下载，可通过去除文件名中的特殊字符方式解决。 查看数据作业 数据拷贝、数据删除、数据下载、数据归档、恢复数据等操作均为系统的异步任务，您可以在“消息中心”中查看任务的执行状态。同时，平台针对该类任务支持您在“作业 > 数据作业”中查看任务的执行信息。在数据作业页面，支持通过作业类
、小写字母、下划线、中划线。 核心项目 如果设置该项目为核心项目，不支持立即删除，会进入待删除项目列表。删除项目需要等待7天保留期，到期后系统自动删除。 说明： 一旦设置为核心项目，不可变为非核心项目，非核心项目支持变为核心项目。 标签 设置项目标签。 描述 设置项目描述。 数据保护策略
安装/卸载Nextflow 安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装，安装的权限只有管理员拥有。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”。 在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。 图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。
Hub获取，不建议自己制作。 基础操作系统类镜像，如Ubuntu、Suse、Centos等。 基础编程语言类镜像，如Java、Python、R语言等。 基础通用类软件镜像，如Tomcat、Mysql、Ngnix等。 获取创建Notebook的镜像 创建Notebook时，平台为您提供了系统镜像和自定义镜像。
IHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 操作步骤 下载命令行工具。 安装命令行工具。 本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。 下载Windows版本的客户端，得到health.exe文件，health文件无需安装，放置在任一文件夹中即可。
上传数据 NGS流程中需使用二代测序得到的原始fastq文件、参考基因组序列、参考Variants数据集。 本示例中以Windows系统命令行工具为例，介绍如何将本地数据上传到EIHealth平台。更多的命令介绍请参见命令行工具。 使用命令行工具，用switch命令进入待操作的项目。
Key)加密调用请求。 Token认证 Token的有效期为24小时，需要使用同一个Token鉴权时，可以缓存起来，避免频繁调用。 Token在计算机系统中代表令牌（临时）的意思，拥有Token就代表拥有某种权限。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限。
--log-path -l 否 日志路径，不填写时默认为命令行工具当前路径下healthcli.log文件。 路径设置格式： Windows系统为“路径\文件名”。 Linux系统格式为“路径/文件名”。 --http-proxy -p 否 HTTP代理配置，格式为“http://username:
了修改，最终修改结果以参数命令为准。 对于可选参数，如果命令中包含了特殊字符，需使用""括起来。 如果特殊字符中包含了双引号，需依据不同操作系统对特殊字符的规范来设置参数命令，例如： # 原镜像启动命令 bash -c "source activate my-rdkit-env &&
步骤2：下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64
步骤2：获取命令行工具 下载命令行工具eihealth-toolkit 针对不同操作系统，eihealth-toolkit下载地址如下所示。 表1 下载列表 支持平台 下载地址 Windows 64位 health-windows-x86_64.zip、health-windows-x86_64
•克隆作业 通过“工具”页面创建 通过“上传作业”创建 如果在创建应用时打开了“并发”开关，可以设置多个参数值，批量执行作业。 可通过在“系统资源 > 计算资源”页面将计算节点的标签设置为copy-in，实现作业运行于指定的计算节点中。对于“不可调度”状态的计算节点，将无法在此节点运行作业。
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