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本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 作业信息填写完成后,单击“确定”,进入流程设计器页面。分别单击输入参数图标,设置输入数据。
本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本地盘加速,使用OBS桶中数据用于本地盘加速,可能会导致作业运行失败。 图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 单击“确定”,保存作业信息。 配置输入和依赖数据 NGS流程中涉及的
创建作业 创建作业有以下几种不同的方式,您可以任选其中一种方式。 通过功能模块创建 通过作业中心页面创建 •新建作业 •克隆作业 通过“功能模块”创建 在“功能模块”页面,选择对应的模块,单击“立即使用”。 在具体的功能模块页面,配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建
"ei_eihealth_01" --createStartTime "2023-03-07 07:47:54" { "jobs": [ { "id": "a37c22fc-0c8f-4
nce、database、storage,分别代表计算资源、性能加速资源、数据库资源和存储资源。 --action -a 否 查询计算节点方式。 取值范围: get-labels:获取计算资源标签列表。get-labels要和--node一起组合使用。 list:获取计算资源列表。
作业”中查看药筛作业的后台进程。 图1 查看作业进程 对接完成后的小分子构象下载 单击应用中的“qvina-w”,获取输出结果的路径。 文件的命名方式为:蛋白质名称_vs_配体名称_blinddock.pdbqt。 图2 下载小分子构想数据 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一:对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。
中,一个应用的输出作为另一个应用的输入,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 在EIHealth平台,创建流程通过拖拽应用的方式完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出,对于由多个应用搭建出来的流程,命令行工具中通过指定不同应用间的输入输出关系,完成应用的连
获取示例数据 本示例中使用小分子化合物SMILES结构式文件和蛋白3D结构PDB文件作为输入数据,可通过如下方式获取。 登录医疗智能体平台,在“资产市场”中订阅“docking summary测试数据”至所需的项目中。 图1 示例数据 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
询和下载相关信息。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/tracing.html 对于pod配置,暂不支持用户侧设置。若用户侧设置的情况下可能会导致对应Process执行失败。相关信息可参考https://www.nextflow.
数据管理命令 列举对象 显示当前目录 切换路径 文件拷贝 创建子目录 上传数据 清理本地记录的上传文件 下载数据 删除数据 数据导入 创建归档 获取归档数据 删除归档 恢复归档 获取数据归档列表 修改归档区域 获取数据作业 删除数据作业 重试数据作业 取消数据作业 移动对象 增量同步
notebook命令 创建notebook 获取notebook信息 删除notebook 编辑notebook 启动notebook 停止notebook
运行大规模虚拟药筛任务 药物数据输入格式说明 订阅Docking Summary流程 新建研究 查看药筛结果 查看药筛作业和结果下载
准备工作 购买服务 购买存储套餐包 购买系统资源 获取认证信息 父主题: 用户指南(基因平台)
项目管理 项目简介 创建项目 项目成员和权限 项目管理常用操作 父主题: 用户指南(基因平台)
数据管理 数据管理简介 添加数据 发布数据 数据管理常用操作 归档数据 数据控制与数据审计 命令行工具概述 父主题: 用户指南(基因平台)
系统设置 安全设置 商标设置 作业消息设置 消息中心 邮箱设置 系统标签管理 个人资源配额 数据归档配置 父主题: 用户指南(基因平台)
Nextflow 简介 安装/卸载Nextflow 新建流程 管理流程 新建作业 管理作业 约束限制 作业执行失败排查思路 父主题: 用户指南(基因平台)
用户管理 创建子用户 导入用户 管理用户 用户权限介绍 父主题: 系统设置
通用工具 MOL 3D Viewer MOL Editor 父主题: 功能模块