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无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管理，实现高效的调用，极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板，是容器应用打包的
lth平台，为EIHealth平台各功能组件提供命令行管理工具。借助此工具，可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 操作步骤 下载命令行工具。 安装命令行工具。 本示例中以Windows系统为例，介绍安装命令行工具的方法。 下载Windows版本的客户端，得到health
命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程，Linux和macOS环境使用方法基本相同，可参考。 使用health get job -s命令获取模板，详细的模板介绍和使用请参见获取作业模板。 获取作业详情，以模板方式展示。 health get job
安全地控制平台的访问和使用权限。 表1 EIHealth平台用户管理类型 类型 说明 系统级别用户管理 系统级的角色配置，可创建平台的子用户，并为其分配权限。详细介绍请参见用户管理。 项目级别用户管理 资源级的角色配置，以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组，以便用
可以辅助您对EIHealth平台项目中数据、应用、流程和作业资源进行管理和使用。 eihealth-toolkit具备灵活性高、扩展性强： 单一可执行文件，方便拷贝与安装。 支持多操作系统，包括Windows、Linux和MacOS，满足不同开发者需求。 使用命令行工具执行数据
设置名称匹配模式（include、exclude）和时间匹配模式（timeRange）对对象名以“/”结尾的对象也生效。 --o -o 否 生成结果清单文件的文件夹，命令执行完成后，会在该文件夹下生成结果清单文件（可能包含成功结果、失败结果和警告结果三个文件），默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹
增量同步 使用sync命令让本地源路径下的所有内容和OBS指定目标对象进行数据同步，使两边内容保持一致。 增量：依次比较源文件和目标对象，只上传存在变化的源文件。 同步：命令执行完成后，保证本地源路径是OBS指定目标桶的子集，即本地源路径下的所有文件均能在OBS指定目标桶中找到对应对象。
代码单元格。每一个Cell有两种模式：命令模式和编辑模式。 最左侧为蓝色条时，是命令模式，绿色条表示编辑模式（此时Cell中有光标，可以进行代码编写）。在命令模式下，按下“Enter”键或者鼠标单击代码框可以进入编辑模式。在编辑模式下，按下“ESC”键或者鼠标单击代码框左侧区域即可进入命令模式。
在使用命令行工具前，需要初始化配置信息，通过config命令对eihealth-toolkit进行初始化配置。本节以Windows为例介绍配置过程，Linux和macOS环境配置过程相同。 命令结构 执行health config add命令进行初始化配置。 health config add [flags]
分子量大小，包含氢原子，最佳分子量在100~600之间。 Molecular Refractivity (MR)： 总极化率，取决于分子的温度、折射率和压力。 Volume： 范德华体积。 Density： 密度，Density = MW / Volume。 pKa： 酸解离常数，该值与化合物的结构直接相关。
单击Docking Summary“操作”列“启动作业”，在弹出的新建作业页面，填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”，设置“输出路径”、“优先级”、“计算节点标签”、“超时时间”和“加速类型”。 基本信息：包含作业名称、标签、描述。 输出路径：存放输出结果的路径，格式以/开头。例如项
、存储和查询，审计操作可以设置导出用户的读操作和写操作（默认）和仅写操作（可选），保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期，下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志，查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支撑安全分析、合规审计、资源跟踪和问题定位
图1 新建流程 填写流程参数信息，填写完成后单击“确定”。 填写流程基本参数，包括“流程名称”、“版本”、“标签”、“短描述”和“描述”。 “流程名称”和“版本”为必填项，其他参数可选填。 图2 流程参数 填写“超时时间”、“输出路径”。 为可选参数，基于流程创建分析作业时，该参数可重新定义。
优先级：运行优先级，分为0~9级，优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。 计算节点标签：作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用和作业都配置了标签，如果应用和作业的计算节点标签在同一计算节点上，则应用调度至该计算节点上；应用和它的作业，不管节点标签是否一致，都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。
续费。续费相关操作，请参见续费管理。 到期与欠费 如果购买资源到期或者账号欠费，会根据“客户等级”和“订购方式”定义不同的保留期时长，保留期内您将不能进行资源访问，保留期内资源处理和费用详见“保留期”。保留期满仍未续订或充值，数据将被删除且无法恢复。 当平台处于冻结状态，且资源不
在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”，其他参数可选填。参数填写完成后，单击“确定”，完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用，并使用鼠标拖拽至画布中。 将fastp的输出参数fq-file1、fa-file2和bwa-mem的输入参数fq-filefq-file2相连。
图1 “OBS”标签代表数据引用来源为OBS桶 单击“确定”，保存作业信息。 配置输入和依赖数据 NGS流程中涉及的输入、输出和依赖数据如表1所示。配置数据前，请先参考上传数据，上传原始Fastq文件和依赖数据。 如果在创建应用时打开了“并发”开关，可以设置多个参数值，批量执行作业。
流程和作业，不填默认使用前一级的配置，填值会覆盖更新。覆盖关系：作业->流程->应用 gpu_type: '' # gpu架构类型，取值范围 ' '|GPU|Snt9|D310。对于流程和作业，不
表形式展示了项目中的应用。您可以新建应用、导入应用或上传应用，并查看应用详情、版本、创建者、修改和创建时间，可以对名称、创建者、修改时间、创建时间、源项目进行排序。并可执行查询、修改和删除应用的操作。 图1 应用列表 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定
如：xxx.R1.fastq.gz和xxx.R2.fastq.gz。 步骤3：创建分析作业 单击项目名称，进入“项目管理”页面，并选择“工具”页签。 单击ngs“操作”列“启动作业”，在弹出的新建作业页面，填写作业信息。“作业名称”、“标签”、和“描述”，设置“输出路径”、“优先
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