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镜像 如何搭建Docker环境 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传
安装新软件包。 查看pandas是否安装。如下表示 pandas未安装。 返回Terminal，切换到相应的环境“py37”，然后安装pandas。
应用管理 应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 您可以使用该工具创建应用，并进行修改、删除、查询、导入操作。 流程管理 流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义，流程至少由一个应用组成。
您可以将生物信息学软件封装为应用，并将其编排调度，形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook，可为您提供在线的开发和调试工具，用于编写和调测模型训练代码。
SPONGE（Simulation Package tOward Next GEneration）是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序，具有高性能、模块化等特性，是一个完全自主研发的分子模拟软件库。
SPONGE（Simulation Package tOward Next GEneration）是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序，具有高性能、模块化等特性，是一个完全自主研发的分子模拟软件库。
如何将生物信息学软件封装为镜像？
基础镜像中的PyPi Mirror，默认配置为华为云软件开发云的PyPi mirror。您可以在容器中执行如下命令，查看PyPi Mirror。如果您想用其他PyPi Mirror，可将命令中的index-url参数修改为您需要的PyPi mirror。
环境配置：加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。 读取配置文件：通过json文件配置输入和输出路径。 模型训练：针对提供的数据和模型参数，AutoGenome会搜索得到最优的神经网络结构。
RNA-Seq测试数据及参考基因组数据集 RNA-Seq-Dataset数据集包含RNA-Seq分析流程的测试数据（fastq）和流程包含软件STAR依赖的参考基因组。
下载bwa和samtools软件。
自动预测 如果受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。 配置成功后，单击“提交”。 查看分子对接结果。
variants-file file 变异检测软件（gatk4）生成的变异文件（vcf file）。 输出参数 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。 html-file file 以HTML文件的格式输出的质控报告。
自动预测 如果没有受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。 对接引擎类型：DSDP、AutoDock Vina。 单击“下一步”，进入优化设置页面。
自动预测 如果没有受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。
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