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批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据，批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出，图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验，但是当面临大批量的测序数据时，需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率，本章节介绍如何
将gatk-mergevcfs的输出参数vcf-file与discvrseq-variantqc的输入参数variants-file相连。 图7 gatk-mergevcfs、discvrseq-variantqc连线关系 搭建好的流程如下图所示。单击流程设计器上方保存按钮，保存流程。创建好的NGS将显示在“项目管理
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据，需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求，将数据上传至项目中。 输入蛋白质，pdb格式，将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子，配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串，第二列为smiles名称，中间用tab键分割。
id，不指定job-id时，列出当前project的全部job的基本信息。 --type -t 否 查询类型，默认detail。此参数用于获取作业列表。 取值：logs、detail、reports 。 logs：获取job日志。 detail：获取job详情。 reports：获取job报告
--cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹，默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。 每个分段复制任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的copy子文件夹下，分段任务执行成功后，对应的断点记录文件会被自动删除；分段任务执行失败或
--cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹，默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。 每个分段移动任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的copy子文件夹下，分段任务执行成功后，对应的断点记录文件会被自动删除；分段任务执行失败或
--cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹，默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。 每个分段上传任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的copy子文件夹下，分段任务执行成功后，对应的断点记录文件会被自动删除；分段任务执行失败或
户侧设置的情况下可能会导致对应Process执行失败。相关信息可参考https://www.nextflow.io/docs/latest/process.html#pod 对于publishDir配置，用户侧设置时需要使用一定的技巧。目前测试结果表明下面两种写法是可行的， 供参考。
输出task实例列表。 --log -g 否 本地存放task日志的路径，必须与--task一起使用以获取作业某一task的日志。 --task -a 否 task名称。如果是并发的task，那么默认获取索引号为0的task实例，如果要查看别的实例，格式： --task task名称;实例索引，如--task
简写 是否必选 说明 ID 不涉及 否 流程ID，指定后获取流程ID对应的流程详情。不指定时，获取的是流程列表。 --param-file -p 否 参数文件保存路径，以yaml格式保存。如果没指定，则不会显示和保存参数信息。 命令示例 health nextflow get workflow
行排序，页面搜索为按前缀搜索。 使用合规数据 您添加的数据属于您的内容，您应对您的内容的合法合规性负责，建议您根据对您可适用的法律法规，进行相应的脱敏、匿名、加密或其他符合要求的处理或采取相应保护措施，当您在复制或者引用数据的时候，需审视是否存在隐私数据，请谨慎操作。 上传数据方式
流程设计器界面 表1 界面说明 区域 说明 工具栏 上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。 可以将应用拖拽至画布中，并进行编排创建。 可以将流程放置到画布中进行编排修改。
数据库创建完成后，单击数据库名称进入数据库详情页，在页面左上角单击“新增行”按钮。 图3 新增行 在新增的数据行中，填写数据。 新增的行的数据请按照模板的格式填写。 填写完成后，单击“保存”。 父主题： 数据库管理
数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库模板：使用资产市场订阅的流程时，模板已预置，无需选择数据库模板。 数据库名称：数据库的名称。 输出文件格式：可以将流程生成的分子对接结果，保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking Summary”流程时，保存格式为.txt。
行排序，页面搜索为按前缀搜索。 使用合规数据 您添加的数据属于您的内容，您应对您的内容的合法合规性负责，建议您根据对您可适用的法律法规，进行相应的脱敏、匿名、加密或其他符合要求的处理或采取相应保护措施，当您在复制或者引用数据的时候，需审视是否存在隐私数据，请谨慎操作。 上传数据方式
流程说明 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。 EIHealth中的流程由应用搭建形成，应用包含了数据的输入、输出等参数定义。 应用呈现的信息在创建应用过程中定义，包含参数名称、数据类型、描述、默认值等。
与其他云服务的关系 统一身份认证服务（IAM） 统一身份认证（Identity and Access Management，简称IAM）是华为云提供权限管理的基础服务，可以帮助您安全地控制华为云服务和资源的访问权限。 医疗智能体使用IAM实现认证功能。 对象存储服务（OBS） 对象存储服务（Object
计算机辅助药物虚拟筛选是新药早期研发的重要环节，可根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构，计算蛋白与药物之间的结合能量，并且依托云端大算力实现超大规模筛选和成药性分析，从成千上百万的小分子库中快速筛选出与蛋白结合最紧密的候选药物，从而为药物研究和临床试验提供方向。药物虚拟筛选以项目成员为粒度进行资源的隔离和访问
数有重名的参数，则只取最后一个参数的值。 添加参数方式：需手动配置相关参数的取值。 参数名称：设置参数名称，此参数为必填项。参数名不能相同。 类型：参数类型，此参数为必填项。取值范围：Other、 File、Directory。如果类型选择Other时，可以单击值旁边的按钮进行输
X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度：1 最大长度：32768 响应参数 状态码：
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