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数据的上传和下载 在Notebook页面,可以通过“Upload”和“Download”上传和下载文件。上传和下载的文件大小限制为100MB。 当在Notebook中上传文件提示大小受限时,您可以根据以下不同场景将大文件上传或下载到Notebook中。 图1 上传和下载文件 OBS存储类型的Notebook
苗头化合物发现 分子对接 分子属性预测 分子搜索 CPI预测 分子生成 父主题: 功能模块
先导化合物优化 分子优化 靶点口袋分子设计 自由能微扰 合成路径规划 父主题: 功能模块
删除配体文件预览任务 功能介绍 删除配体文件预览任务。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview/{task_id} 表1 路径参数
更新药物作业 功能介绍 更新药物作业。 URI PUT /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是
新建分子搜索任务接口 功能介绍 输入要查询的分子以及查询条件,创建分子搜索任务。 URI POST /v1/{project_id}/task/search 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数 表2 请求Header参数
分子合成路径规划作业管理 创建分子合成路径规划作业 查询分子合成路径规划作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
查询CPI作业详情 功能介绍 查询CPI作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/cpi/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
去水:去掉受体蛋白里面的水分子。 去金属离子:去掉受体蛋白里面的金属离子。 去水、去金属离子参数默认是勾选状态,若上传的受体中包含配体,提交任务时系统会自动删除配体。 单击“应用全局",可以对受体进行批量处理。 单击“下一步”,进入配体预处理页面。 单击“上传配体”后的,选择配体文件。 配体文件仅支持输入1个文件。
新建CPI任务接口 功能介绍 输入蛋白序列、小分子库,创建分子-蛋白互作预测任务。 URI POST /v1/{project_id}/task/cpi 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数 表2 请求Header参数
直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错 问题现象 运行作业时,作业直接挂载OBS目录进行大规模计算。偶现“异常应用”,并日志报错input/output error或file xxx not exists。 问题原因 OBS集群到计算集群之间的带宽达到了上限。 OBS集群的IOPS达到了上限。
修改数据库实例 使用edit命令修改数据库实例。 命令结构 health edit database instance <instance-id> [flags] 或者 health edit db instance <instance-id> [flags] 表1 参数说明 参数
生成分子SVG图 功能介绍 生成分子SVG图。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/svg 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
新建分子生成任务接口 功能介绍 输入分子属性约束,创建分子生成任务。 URI POST /v1/{project_id}/task/generation 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数 表2 请求Header参数
ADMET属性预测接口 功能介绍 计算小分子的物化性质,包括吸收(adsorption)、分布(distribution)、代谢(metabolism)、清除(excretion)与毒性(toxicity)。 URI POST /v1/{project_id}/admet 表1 路径参数
靶点口袋分子设计作业管理 创建靶点口袋分子设计作业 查询靶点口袋分子设计作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
查询配体文件预览任务 功能介绍 查询配体文件预览任务。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview/{task_id} 表1 路径参数 参数
genomeagent镜像功能点介绍 此章节介绍genomeagent镜像的基本功能。 功能点1:自动生成任务计划、自动生成子步骤代码 功能点2:自动提交EIFlow代码任务 功能点3:报错时自动修正 报错时自动修正 报错时用户介入修正。 功能点4:特定步骤中断(人为or非人为),前序步骤状态继承,重新执行中断步骤
使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.sh