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分子合成路径规划作业管理 创建分子合成路径规划作业 查询分子合成路径规划作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
查询CPI作业详情 功能介绍 查询CPI作业详情。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/cpi/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
在使用Nextflow时,作业运行失败的可能原因 由于Nextflow支持的特殊字符继承了Nextflow原有特性,因此请排查参数值,或者选择的数据名称,或者路径中带的特殊字符是否符合Nextflow原有特性。 建议启动并发作业数最多为8个。 父主题: Nextflow
药物数据输入格式说明 药物虚拟筛选平台的输入数据,需要输入蛋白质和配体小分子数据。参考以下数据要求,将数据上传至项目中。 输入蛋白质,pdb格式,将要进行对接的所有靶标蛋白放在一个文件夹内。 输入配体小分子,配体小分子为如下格式的txt文件。 第一列为smiles字符串,第二列为smiles名称,中间用tab键分割。
上传镜像到SWR镜像仓库 上传镜像前,您需要安装容器引擎并完成镜像的制作,详细操作请参考安装容器引擎、制作Docker镜像。如果您已经安装了容器引擎,请跳过该步骤。 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构
创建数据库模板 创建数据库模板 创建数据库前,请先在“数据库 > 模板”页签创建数据库模板,模板中数据库表列的数目为固定,行数可按需设置,不同列之间,可通过列信息进行识别。列信息包含列名、描述、类型、允许为空、是否主键、是否可查询、是否唯一、提示和操作信息。单击添加列可新增一列,
导入数据库模板 导入模板 提供两种模板导入方式: 平台支持导入其他项目的模板,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”,预置的模板不支持导入。 在左侧导航栏选择“模板”页签,单击“导入模板”。 导入方式选择“项目”,选择项目名称,勾选需要导入的模板,可以在“
创建分子聚类作业 功能介绍 创建分子聚类作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id}/cluster 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
创建配体文件预览任务 功能介绍 创建配体文件预览任务,支持SMI、SDF、PDB、MOL2。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview 表1
受体预处理(Fasta格式) 功能介绍 受体预处理(Fasta格式),用于前端计算预期扣费次数 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/fasta-preprocess
新建分子优化任务接口 功能介绍 输入起始小分子以及属性约束,创建分子优化任务。 URI POST /v1/{project_id}/task/optimization 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数
自由能微扰作业管理 创建自由能微扰作业 查询自由能微扰作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
去水:去掉受体蛋白里面的水分子。 去金属离子:去掉受体蛋白里面的金属离子。 去水、去金属离子参数默认是勾选状态,若上传的受体中包含配体,提交任务时系统会自动删除配体。 单击“应用全局",可以对受体进行批量处理。 单击“下一步”,进入配体预处理页面。 单击“上传配体”后的,选择配体文件。 配体文件仅支持输入1个文件。
约束条件是target2_binding_energy 您可以通过“上传靶点”,将受体文件上传。受体文件仅支持pdb格式的文件,提交任务时系统会自动删除受体中包含水、配体和金属离子。删除受体文件后,运行任务时会跳过靶点设置步骤。 口袋设置。 原始配体: 将原始配体作为口袋位置,也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。
修改数据库实例 使用edit命令修改数据库实例。 命令结构 health edit database instance <instance-id> [flags] 或者 health edit db instance <instance-id> [flags] 表1 参数说明 参数
生成分子SVG图 功能介绍 生成分子SVG图。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/svg 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
新建分子生成任务接口 功能介绍 输入分子属性约束,创建分子生成任务。 URI POST /v1/{project_id}/task/generation 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 华为云项目id 请求参数 表2 请求Header参数
ADMET属性预测接口 功能介绍 计算小分子的物化性质,包括吸收(adsorption)、分布(distribution)、代谢(metabolism)、清除(excretion)与毒性(toxicity)。 URI POST /v1/{project_id}/admet 表1 路径参数
靶点口袋分子设计作业管理 创建靶点口袋分子设计作业 查询靶点口袋分子设计作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
查询配体文件预览任务 功能介绍 查询配体文件预览任务。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview/{task_id} 表1 路径参数 参数